平成17年度前期　大学院自然科学研究科（博士前期課程）生命・地球科学専攻 †

  • 系統学特論
  • 授業コード：　
  • 担当教員：　綿野泰行 watano @ faculty.chiba-u.jp・梶田　忠 tk.gif
  • 火曜3限　
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授業/H17/系統学特論/最節約法 †

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授業/H17/系統学特論/最尤法 †

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お知らせ †

  • 2005-07-14 H17/系統学特論/最尤法のページを更新しました

    授業で使うスライドや課題をアップしました。説明文を変更しました。

  • 2005-06-22 分子進化のモデルと最尤法：予備知識確認

    メールでお知らせした予備知識確認の課題を、H17/系統学特論/最尤法というページにアップしました。7月5日までに梶田宛にメールで提出して下さい。

  • 2005-06-22 Modeltestのバージョン

    Modeltestがアップデートされてver.3.7になりました。ダウンロードページに最新バージョンを入れておきました。

  • 2005-06-22 講義日程の変更

    第6回の講義を12日に変更します。お間違えなきように（梶田 2005.6.22）。

    第6回目（7/12　自然2号館　マルチメディア）：
最尤法
・分子進化のモデルと最尤法の実際~
・プログラム：ModelTest, PAUP~
  • 2005-06-18 系統学特論/最節約法

    最節約法のページ?を作りました。課題1の解答例、6月21日の授業で出す課題の予告などが載っています。

  • ClustalXのバージョンについて

    先日までHPに置いてあったClustalXはバージョン1.81で、save asでfastaに変換できないようです。ダウンロードページに最新バージョンの1.83を入れておきましたので、課題をこなすのに使って下さい。

  • 課題2の訂正について

    掲示版で山北君が指摘してくれた通り、ダウンロードするファイルをD88068からD88086に訂正してください（2005年5月24日　綿野）

  • 2005-05-20 TreeViewについて

    先日までアップしてあったTreeViewXは使い勝手が悪いことがわかったので、TreeViewに入れ替えました。ダウンロードページからtreev32.zipをダウンロードして使って下さい。

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授業スケジュールとルール †


1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
2）授業で説明をうけたら、次回の授業までにレポートの提出（メールの添付でよい）
3）この作業を5回ほど繰り返す。

第1回目（4/26）：ガイダンス
　　・使用するプログラムの入手法

第2回目（5/10　場所　理４号館　マルチメディア）：
分子進化と遺伝的浮動
　　・中立突然変異が固定する機構
　　・プログラム：エクセル

第3回目（5/24　自然2号館　マルチメディア）：
DNAデータベース：検索とダウンロード
　　・DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
　　・プログラム：メモ帳, ClustalX

第4回目（6/7　自然2号館　マルチメディア）：
塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成
　　・距離行列法
　　・プログラム：Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView

第5回目（6/21　自然2号館　マルチメディア）：
最節約法
　　・最節約法の原理と実際
　　・PAUP

第6回目（7/12　自然2号館　マルチメディア）：
最尤法
　　・分子進化のモデルと最尤法の実際
　　・プログラム：ModelTest, PAUP

  • 説明・演習は全てMSWindows環境で行います
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ガイダンスについて †

  • 第１回講義（ガイダンス）を4月26日（火曜）３限に行います。受講希望者は綿野にメールで事前連絡し、出席してください。
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参考書 †

  • Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN:0878933123 ; 2nd ed.
    • この本は、系統解析のお料理本。系統樹を作るために必要ないろんな道具（ソフトウェアなど）をどう使って、材料（塩基配列データ）を料理するかが、丁寧に書かれている。附属のCD-ROMには、系統解析ソフトPAUP*のお試し版を始め、この本で解説されているソフトウェアやデータが収録されている。また、ウェブサイト(　http://www.sinauer.com/hall/　)からサンプルデータ等がダウンロードできる。
  • EBI(European Bioinformatics Institute)のサイト
    • EMBL(European Molecular Biology Laboratory)の下部組織で、バイオインフォマティクス関連の研究やサービスを行っている。DownloadページからはFTPで様々なソフトウェアがダウンロードできる。
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授業関係資料のダウンロード＜閲覧制限＞ †

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H17/系統学特論/掲示板 †

  • この講義への要望や意見などを書き込んでください。
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リンク †

各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。

Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト　http://www.sinauer.com/hall/

Mega http://www.megasoftware.net/mega.html

Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

DNAsp http://www.ub.es/dnasp/

Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

Modeltest http://darwin.uvigo.es/

PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/

MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html

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Last-modified: 2015-05-13 (水) 16:39:14 (3264d)