授業/H22/系統学特論/05

最(大)節約法：　Maximum Parsimony Method †

Tools will be used today †

• Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
• PAUP * beta 4.0
• Tree View

予備知識確認テスト †

授業を開始する前に、次の問いに答えてもらいます。

Table 1.

• 問1：Table 1のマトリクスから最節約法を用いて最節約系統樹を作成しなさい。系統樹の表記法は下の例に従うこと。

  Infer the most parsimonious trees using the data shown in Table 1.

• 問2：Table 1のマトリクスから得られた系統樹の樹長を答えなさい。

  Answer the tree length of the tree inferred from the data of Table 1.

• 問3：次の用語を説明しなさい。

  Explain the following terms

  • 3-1: 単系統群(monophyletic group)
  • 3-2: 共有派生形質(synapomorphy)
  • 3-3: 外群(outgroup)

系統樹の表記法（ニューイックフォーマット, Newic Formst) †

下の系統樹は　(M(N(A(B C))))　と表記する。

第5回：7月6日授業課題 †

NEXUSファイルの生成までをウェブベースで行う方法 †

• 1.ホームページからデータファイル（rbcL_plant.fst)をダウンロード。テキストエディタで開き、内容をコピーして、EMBLのサイトでClustalWアラインメントして、pir形式で出力 Download（rbcL_plant.fst) and open it by text editor. Copy all the contents and paste them to
  http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html
  Do Alignment with specifying the output format pir.
• 2. できあがったアラインメントデータの内容をすべてコピーし
  http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/readseq.html
  のウェブ版ReadSeqプログラムにアクセスして、テキストエリアにペースト。output formatに PAUP/NEXUSを選んで Perform Conversion.
  できあがったNEXUSフォーマットをコピーして、テキストエディタにペーストし（PAUP*でも良い）、.nexという拡張子をつけてセーブ。 Copy the aligned data and paste them to
  http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/readseq.html
  and paste into the text area. Choose PAUP/NEXUS for the output alignment and perform conversion.
  Save the data as a file with an extension (.nex).

課題の提出期限：7月13日 †

• Deadline: 13 July.

授業/H17/系統学特論/PAUPブロック †

• PAUPを使った系統解析演習に必要なPAUPブロックの例です。コピーペーストして使って下さい。

最節約法の基礎 †

最節約法を基本から勉強したいという人には、次の参考書（なんと無料！）をお勧めします。１コマの講義で節約法の全貌と、ソフトウェアを使った系統推定を理解するのは、初めての人には大変だと思います。以下の文献よ読んで、復習してください。

The Compleat Cladist　（日本語訳が「系統分類学入門」というタイトルで、文一総合出版から出ている）http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/teaching/CompleatCladist.pdf

Basics of Cladistic Analysis　（上よりもさらに簡単な内容）http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf