MESQUITEのごく簡単な使い方 †

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祖先形質状態の推定 †

USING HETEROCHRONY TO DETECT MODULARITY IN THE EVOLUTION OF STEM DIVERSITY IN THE PLANT FAMILY MORINGACEAEを参考にして、Mesquiteを使ってみる。

  1. Mesquiteを起動
  2. 新しいファイルを開く：　File > New : 　moringaceae.nexという名前にする
    • New File Optionsを聞かれるので： Make Taxa Blockにチェック、Nameに"Moringaceae", Number of Taxaに14, Show Tree Windowにチェック、Make Character MatrixにチェックしてOK
    • New Character Matrixのウィンドウが開くので、Name of character matixに"Stem Diversity", Number of charactersに1、Type of Dataを"Standard Categorical Data"にしてOK
  3. Taxaの名前を入力：　系統樹が表示されている場合は、ウィンドウ上部のタブで"Character Matrix "Stem Diversity"をクリック
    • taxon1 から taxon14までを下の名前と入れ替える。
    • 右側のカラムの"1"の下の空欄に、"Stem Type"と入力し、そのしたの"?"のついたカラムを、下のデータ(0, 1, 2)と入れ替える。 
      Cylicomorpha     0
M.drouhardii     0
M.hildebrandtii  0
M.stenopetala    0
M.ovalifolia     0
M.peregrina      1
M.concanensis    1
M.oleifera       1
M.borziana       2
M.pygmaea        2
M.arborea        1
M.rivae          1
M.ruspoliana     1
M.longituba      2