授業/H23/系統学特論/06 のバックアップ(No.1)

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- 1 (2011-07-05 (火) 05:43:19)
- 2 (2011-07-05 (火) 06:32:16)
- 3 (2011-07-11 (月) 14:43:06)

最尤法による系統樹探索 †

今年度の授業ではPAUP* betaを用いずに系統推定を行う方法を解説している。
全てフリーソフトを用いて演習を実施するために、

モデルの選択：　jmodeltest　　http://darwin.uvigo.es/software/jmodeltest.html
選択されたモデルを用いた最尤系統樹の探索：　PHYML　　http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
（マニュアル: http://www.atgc-montpellier.fr/download/papers/phyml_manual_2009.pdf）

を用いて行う。PHYMLはPAUP* betaよりも扱うことのできるモデルの数が少ないが、フリーソフトの中では一番多くのモデルに対応している。

↑

1. jmodeltestのダウンロードとモデルの選択 †

jmodeltestのページ（http://darwin.uvigo.es/software/jmodeltest.html）にアクセスして、氏名、メールアドレスなどを入力して、ダウンロード。
MacOS, Windows XP, Linux等で使える。
jmodeltestを起動し、サンプルファイルPedic_align.fst をロードする
```
File > Load DNA alignment
```
88個のモデルのもとで、尤度を計算。（jmodeltestはPHYMLを使って尤度を計算している）
```
Analysis > Compute likelihood scores to start the analysis.
```
- 結果は画面にも表示されるが、Results Tableに一覧表として保存されている
```
Results > Show results table
```
最適モデルを選択する。AIC, AICc, BIC等を用いて、最適モデルを選択する。例えば、AICの場合
```
Analysis > Do AIC calculations
```
解析結果は画面にも表示されるが、Results Tableの中のAICのタブに保存されるその他、AICc, BICについても同様の操作をしておく。なお、使えるモデル選択の基準は、
- Akaike Information Criterion (AIC) (Akaike 1974)
- Akaike Information Criterion corrected for small sample sizes (AICc) (Hurvich and Tsai 1989)
- Bayesian Information Criterion (BIC) (Schwarz 1978),
- Decision-theoretic performance-based approach (DT) (Minin et al. 2003)
結果のテーブルを見て、最適モデルを選択。AICの場合、テーブルのAICカラムをクリックして並び替えると、最小のAICを持つモデルが一番上にくる。
```
Results > Show results table
```
- 今回の例では、TPM1ufが最適モデル。Results tableでこのモデルのパラメータ設定を見ると、 29 TPM1uf 012210 1201.3315 39 0.3857 0.1542 0.1439 0.3162 - 1.0 1.34339 0.30054 0.30054 1.34339 1.0 - -