コンピュータを利用した系統解析 †

これまでの授業で最節約法、NJ法、最尤法、ベイズ法を学んできたが、いずれの系統推定方法においても、コンピュータの利用は不可欠であることを学んだ。また、コンピュータを利用してさえ、解析に非常に時間がかかる場合があるということも学んだ。今回の授業では、ウェブ上で公開されているインターフェースを利用して、実際のデータを解析する方法を学ぶ。

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サンプルデータ †

サンプルデータには、H23年度情報処理第13回授業で用いた、ヨツバシオガマの葉緑体DNAの塩基配列データを用いる（→Pedic.fst）。この情報処理授業では、ClustalWを用いて、塩基配列のアラインメントと、NJ法を用いた系統解析を行った。ここでもういちど、当該情報処理授業を復習しておくと良いだろう。

なお、この授業で行う演習内容が、次回授業の次週課題の解説になっているので、操作方法やデータ処理の方法は、注意して聞いておく方がよいだろう。

最尤法による系統推定には、次の２つのステップが必要になる。

１．分子進化モデルの選択 ２．最尤法による系統推定

分子進化モデルの選択 解析対象とするデータに適した分子進化モデルは、ModeltestやjModeltestなどのソフトウェアを用いて選択することができる。ここでは、分子系統解析の統合ウェブサイトであるPhylemonに組み込まれたjModeltestを用いて、サンプルデータに適した分子進化モデルを選択する。