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系統解析ソフトウェアには、Mac版PAUP*やMesquiteのように、使いやすいグラフィックインターフェースを備えていないものが多くあります。また、ソースコードで配布されるため、自分の環境に合わせてコンパイルしなければ使用できないものも多くあります。そういうソフトウェアを操作し、自分のコンピュータで使えるようにするには、Unix系のコマンドラインでの操作に慣れておくと便利です。この講義では、Windows上で走るUnix環境エミュレータであるCygwinを使って、r8sのコンパイルと、PAML等のソフトの操作を体験します。
make gcc #C compiler 一つクリックすると、必要なのがすべて選択される。 gcc-g77
$ pwd /home/user1 #自分が今いるディレクトリ $ ls #そのディレクトリの内容をリスト r8s1.71 sample $ cd r8s1.71 #r8s1.71というディレクトリに移動 $ ls bin doc sample src $ cd src #srcディレクトリに移動 $ make #コンパイル。うまくゆくと、srcディレクトリ内にr8s.exeができる。 $ mv r8s.exe /usr/local/bin #できた実行形式ファイルを、/usr/local/binに移動 #こうしておくと、ファイル名だけで実行できる $ ls /usr/local/bin #ちゃんと移動できたことを確認 r8s.exe $ r8s -v #起動テスト r8s version 1.71 (compiled Dec 12 2007) r8s version 1.71 (Dec 12 2007) r8s>quit #起動テスト終了 $ cd /home/user1/r8s1.71/sample #sampleファイルのディレクトリに移動 $ ls SAMPLE_1.7 SAMPLE_CROSSVAL SAMPLE_LOCAL_CLOCK SAMPLE_SUPERTREE SAMPLE_CONSTRAINTS SAMPLE_FLU SAMPLE_SIMPLE $ r8s -f SAMPLE_SIMPLE #sampleファイルを一つ解析してみる。結果がすぐに表示される。
これらのファイルはウィンドウズのコマンドプロンプトからでも実行できるが、パスの設定が面倒な場合がある。また、cygwinのシェルを使う方が、コマンド入力や解析が便利な場合がある。そこで、実行形式ファイル（exeファイル）をパスの通ったc:\cygwin//usr/local/binにまとめておく。
（注：大量の繰り返しを必要とする解析の場合、Cygwin環境で使うと計算速度が遅くなるかもしれない。その場合、コマンドプロンプトから実行する方が良いかもしれない。）
baseml.exe basemlg.exe chi2.exe codeml.exe evolver.exe mcmctree.exe pamp.exe TreeTimeJeff.exe yn00.exe
$ ls /usr/local/bin
TreeTimeJeff.exe basemlg.exe codeml.exe mcmctree.exe r8s.exe
baseml.exe chi2.exe evolver.exe pamp.exe yn00.exe$ ls /home/user1 paml4
$ cd /home/user1/paml4 $ codeml #解析結果が画面に表示される
estbranches_aa.exe estbranches_dna.exe multidivtime.exe paml2modelinf.exe
$ ls /usr/local/bin
TreeTimeJeff.exe chi2.exe estbranches_dna.exe multidivtime.exe r8s.exe
baseml.exe codeml.exe evolver.exe paml2modelinf.exe yn00.exe
basemlg.exe estbranches_aa.exe mcmctree.exe pamp.exe