授業/H20/生物学セミナーのバックアップ(No.2)

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生物学セミナー †

生物学セミナー
- 授業情報
- 個別授業初回：6月17日
  - 目的
  - 背景
  - 材料
  - 方法

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授業情報 †

2008年度授業コード:S4302101 科目コード:S43021
前期・火５単位数 :2　　専門科目（生物学科）　教室 5月12日以降は407号室
授業科目名: 生物学セミナー　（Seminar in General Biology）

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目的・目標 †

生物学入門。大学でおこなわれている高度な生物学に早期に触れさせ、学問への動機づけを行う。

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授業計画・授業内容 †

１−15　　　前半は、オムニバス形式で、各研究分野の教官の研究内容の概略を学ぶ。後半は2,3人ずつに分かれ、1人の教官が生物学各分野への入門的な基礎文献の購読ならびに生物の観察、実験手法等の指導を行う。

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講義予定（進行状況に応じて変更するので注意！） †

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評価方法・基準 †

出席を重視。後半の小人数教育では、教官から与えられる課題への積極的な取組みが求められる。

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個別授業初回：6月17日 †

　学生２名とセミナー実施内容を相談。「植物観察実験」、「DNAデータの解析実験」、「研究論文の読み方」などの選択肢から、学生の希望により、「微量サンプルからのDNA抽出と解析」を選択。　

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目的 †

　多くの生物の系統解析に使われるリボゾームDNAのITS領域。この領域にヒト個体間で違いがどの程度あるのかが知りたい。微量サンプルを用いてDNA抽出・PCR増幅などの様々な手法を試し、実際の解析にチャレンジする。

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背景 †

リボゾームDNAのITS領域とは何か？
- 「PCR実験マニュアル」 HBJ出版　p.275を読むと書いてある
PCRを使ってITS領域を増やすのにはどのようにすれば良いか？
- 「PCR実験マニュアル」 HBJ出版　p.275を読むと書いてある。ITS2, 3, 4, 5というプライマーを使う
ITS領域にヒト個体間で違いがあるとすると、どんなことがこれまでに分かっているか？
- GenBankを検索したところ（キーワード:"internal transcribed spacer" homo sapiens”）、400件ぐらいのデータが入っていたが、ヒトのITSデータは以下の４件だった。
```
1:    D31961    Reports    Homo sapiens DNA ... [gi:1088446] 	
2:   M36624   Reports   Human rRNA gene i... [gi:337378] 	
3:   X17624   Reports   Human rRNA primar... [gi:33992] 	
4:   X17626   Reports   Human rRNA primar... [gi:33993]
```
  残りはヒトの病原体の塩基配列ばかりだった。
- 上の４件のデータをみたら、ITS1, ITS2の領域それぞれ、1,000bp程度だった。
- いろんな人種間でITS領域がどれだけ違うかとか分かっているか？
口腔粘膜からDNAを抽出するとき、口内バクテリアなどが増えてこないか？
- 上のGenBankの検索結果でもわかるとおり、恐らく増えてくるだろう。
微量なサンプルからどうやってPCR増幅を行うか？
- ヒント：Ampdirectを利用する。http://www.shimadzu-amp.jp/protocol/index.html

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材料 †

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