系統学特論 †
- 授業コード：
- 対 象： 地球生命圏科学専攻
- 場 所： 自然科学2号館2階・マルチメディア講義室
- 時 間： 火曜・３限
- 実施日： 4月 22日, 5月13日, 27日, 6月10日, 24日, 7月8日
- 担 当： 綿野 泰行 ・ 梶田 忠
注意事項： †
※ 講義室で行う講義は全部で６回です。それ以外の週は、課題用のデータを各自で解析し、必要に応じて個別指導を受け、レポートとして提出します。
※ 授業には、できる限りインターネットに接続できるノートパソコンを持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
分子系統学の授業の進め方 †
- 1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
- 2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自必要に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
- 3）この作業を5回ほど繰り返す。
内容 †
- 第1回目(4月22日)：ガイダンス: Guidance
- 使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.
- 第2回目(5月13日)：分子進化と遺伝的浮動: Molecular evolution and Random Genetic Drift
- 第3回目(5月27日)：DNAデータベース：検索とダウンロード: DNA database, Query and download data
- DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
- プログラム：メモ帳, ClustalX
- 第4回目(6月10日)：塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成: Alignment of nucleotide sequence data and basic method of inferring phylogenetic tree
- 距離行列法
- プログラム：Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView
- 第5回目(6月24日)：最節約法: Maximum parsimony methods
- 第6回目(7月8日)：最尤法: Maximum likelihood method
掲示板 †
授業/H20/系統学特論/bbs
参考書： †
- Pylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN: 0878933123 ; 2nd
リンク †
各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト http://www.sinauer.com/hall/
Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
Modeltest http://darwin.uvigo.es/
PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
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), 理3・407号室