系統学特論 †
- 授業コード： 321075XX
- 対 象： 地球生命圏科学専攻
- 場 所： 総合メディア基盤センター2階電算実習室２
- 時 間： 火曜・３限
- 実施日： 5月 8日, 15日, 6月5日, 12日, 19日, 7月3日
- 担 当： 綿野 泰行 ・ 梶田 忠
注意事項： †
- ※ 実習室で講義を行うのは、上記６回です。それ以外の週は、課題用のデータを各自で解析し、レポートとして提出します。
演習には教育用端末を利用します。出席する際には、教育用端末に接続するためのアカウントとパスワードを必ず持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
- http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/ 「授業/H19/系統学特論」
- 初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
- ※連絡先：
分子系統学の授業の進め方 †
- 1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
- 2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析し、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
- 3）この作業を5回ほど繰り返す。
内容 †
- 第1回目(5月8日)：ガイダンス: Guidance
- 使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.
- 第2回目(5月15日)：分子進化と遺伝的浮動: Molecular evolution and Random Genetic Drift
- 中立突然変異が固定する機構
- プログラム：エクセル
- お知らせ：5月15日（火）の授業は13:10から行います。
- 第3回目(6月5日)：DNAデータベース：検索とダウンロード: DNA database, Query and download data
- DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
- プログラム：メモ帳, ClustalX
- 第4回目(6月12日)：塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成: Alignment of nucleotide sequence data and basic method of inferring phylogenetic tree
- 距離行列法
- プログラム：Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView
- 第5回目(6月19日)：最節約法: Maximum parsimony methods
- 第6回目(7月3日)：最尤法: Maximum likelihood method
参考書： †
- Pylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN: 0878933123 ; 2nd
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), 理3・407号室