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系統解析ソフトウェアには、Mac版PAUP*やMesquiteのように、使いやすいグラフィックインターフェースを備えていないものが多くあります。また、ソースコードで配布されるため、自分の環境に合わせてコンパイルしなければ使用できないものも多くあります。そういうソフトウェアを操作し、自分のコンピュータで使えるようにするには、Unix系のコマンドラインでの操作に慣れておくと便利です。この講義では、Windows上で走るUnix環境エミュレータであるCygwinを使って、r8sのコンパイルと、PAML等のソフトの操作を体験します。
Some softwares for phylogenetic analysis are not equipped with GUI like PAUP* of Macintosh or Mesquite. Some softwares also to be compilied under the configuration of each terminal. Here, we try to use Cygwin, an emulater of Unix environment on Windows, to use r8s, PAML, and others.
Choose following packages under Devel when you see the list of packages
make gcc #C compiler 一つクリックすると、関連するものがすべて選択される。 gcc-g77
$ pwd
/home/user1 #自分が今いるディレクトリ: Your current directory
$ ls #そのディレクトリの内容をリスト: List the contents of the current directory
r8s1.71 sample
$ cd r8s1.71 #r8s1.71というディレクトリに移動: Move to the directory "r8s1.71"
$ ls
bin doc sample src
$ cd src #srcディレクトリに移動: Move to the directory "src"
$ make #コンパイル。うまくゆくと、srcディレクトリ内にr8s.exeができる。
Compile with this command. You will have "r8s.exe" if succeed.
$ mv r8s.exe /usr/local/bin #できた実行形式ファイルを、/usr/local/binに移動: Move the binary file to /usr/local/bin
#こうしておくと、ファイル名だけで実行できる
You can execute the .exe files in /usr/local/bin fron any directories
$ ls /usr/local/bin #ちゃんと移動できたことを確認: Confirm if the file was moved.
r8s.exe
$ r8s -v #起動テスト: Test starting r8s. You will see the version.
r8s version 1.71 (compiled Dec 12 2007)
r8s version 1.71 (Dec 12 2007)
r8s>quit #起動テスト終了: quit r8s.
$ cd /home/user1/r8s1.71/sample #sampleファイルのディレクトリに移動: Move to the sample directory
$ ls
SAMPLE_1.7 SAMPLE_CROSSVAL SAMPLE_LOCAL_CLOCK SAMPLE_SUPERTREE
SAMPLE_CONSTRAINTS SAMPLE_FLU SAMPLE_SIMPLE
$ r8s -f SAMPLE_SIMPLE #sampleファイルを一つ解析してみる。結果がすぐに表示される。
Analyze one of the sample file. You will see the result soon.これらのファイルはウィンドウズのコマンドプロンプトからでも実行できるが、パスの設定が面倒な場合がある。また、cygwinのシェルを使う方が、コマンド入力や解析が便利な場合がある。そこで、実行形式ファイル（exeファイル）をパスの通ったc:\cygwin//usr/local/binにまとめておく。
To use PAML and Multidivtime easier, I recommend you to install them under c:\cygwin/home/user1/.
baseml.exe basemlg.exe chi2.exe codeml.exe evolver.exe mcmctree.exe pamp.exe TreeTimeJeff.exe yn00.exe
$ ls /usr/local/bin
TreeTimeJeff.exe basemlg.exe codeml.exe mcmctree.exe r8s.exe
baseml.exe chi2.exe evolver.exe pamp.exe yn00.exe$ ls /home/user1 paml4
$ cd /home/user1/paml4 $ codeml #解析結果が画面に表示される
estbranches_aa.exe estbranches_dna.exe multidivtime.exe paml2modelinf.exe
$ ls /usr/local/bin
TreeTimeJeff.exe chi2.exe estbranches_dna.exe multidivtime.exe r8s.exe
baseml.exe codeml.exe evolver.exe paml2modelinf.exe yn00.exe
basemlg.exe estbranches_aa.exe mcmctree.exe pamp.exeいずれも、上で説明した他のソフトウェアと同様に、ダウンロードしたら、c:\cygwin/usr/local/bin/ に入れておく。Unix系の操作が必要な解析のデータファイルはいつも自分のホームディレクトリ(/home/user1)に入れておくと決めておくとよい。。解析ごとにサブディレクトリをつくれば、データの整理が簡単になる。
After downloading from above sites, move executable files to c:\cygwin/usr/local/bin/. To put data files in order, making data directories under your home directory (/home/user1 (or your own user name)) is recommendes.