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前回の授業では、Power Pointでプレゼンテーションを作成する際に必要な、図形の作成を学んだ。Power Pointでは１つの画面の中に、図版や文字を自由に配置して、相手に分かりやすく、メッセージを伝えることを心がけて欲しい。班ごとのプロジェクトでは、自分たちで立てた企画に基づいて、これからいろいろなデータを集めることになる。最後にはPowerPointを用いた発表をしてもらうので、また、いろんな機能を試して貰いたい。
ところで、Power Pointに関して受講生に尋ねると、「いきなりプレゼンテーションを作れと言われても、何をどうして良いのか分からない」という答えが返ってくることがある。そこで、今日の授業では、PowerPointを用いて、実際に１つ、プレゼンテーションを作る練習をしてみる。また、前々回アンケートの結果、半数以上が希望していた、図書館情報システムを用いた論文検索を盛り込みつつ、４年生になれば必ず一度は経験する、「論文紹介」用のプレゼンテーションを作成してみることにする。
今日、やることと順番は以下のとおり：
論文紹介とは何かということの解説 論文紹介のために、図書館情報システムを用いて論文検索をする ・SCOPUS, Google Scholar, 電子ジャーナルの検索方法を学ぶ 論文紹介に必要な、最低限の論文の読み方を解説 PowerPointでプレゼンテーションを作る練習をする ・練習用に 「論文紹介」用のプレゼンテーションを作る ・論文（ウェブページのフルテキストかPDF）から画像やテキストをPowerPointに移動 ・プレゼンテーションに必要なストーリー作り プロジェクト用意見交換ページの解説 次週から本格的に使うRの基本操作を習得 ・インストール確認 ・Rのコンソール画面の設定、四則演算、代入、ベクトル等
論文紹介というのは研究室のセミナーでよく行われるもので、発表者（今回の場合、あなた）が、あるトピックについて、最新の論文を読み、その内容を他の参加者に紹介するものだ。
ここで登場人物は最低でも３人いることに注意しよう：
論文紹介をする人（以下、あなた） 論文紹介を聞く人（以下、セミナーの参加者 or 聞き手） 論文の著者
それぞれの登場人物の役割は、次のようなもの。
多くの論文紹介でそのメッセージは、次のようなものであるはず。メッセージの無い論文紹介（例えば：「こういう論文をたまたま見つけたので読んでみたんだけど、全然面白くなかったです」【※こんな論文紹介をすると、聞いている人が怒り出します。】）はしてはいけない。
こういう感想を持たせることができたら、大成功。
では、紹介すべき論文をどうやって探せば良いか？「面白い論文を探してこい」なんて言われても、どうやっていいか分からないだろう。始めのうちは先輩や先生に相談するのが一番手っ取り早い。でも、自分で何か興味のあるテーマを持っているのなら、次のような方法で論文を探してみよう。
ここでは千葉大学が契約している論文検索データベース、SCOPUSを使って論文を探す方法を紹介する。
論文探しの第一歩は、自分が興味を持った内容を表す適当なキーワードを使って、文献データベースをサーチすること。例えば、世界１大きい花を持つラフレシアについて調べてみたいと思ったら、Scopusにアクセスして、Search forのところに
Rafflesiaと入力する。
Document Author(s) Date Source Title Cited By 論文タイトル 著者 発表年 雑誌名 被引用回数
被引用回数というのは、その論文が他の論文で引用されている回数だ。この数が大きいほど、その論文が注目されている論文であることを示すことが多い（最近はこの「被引用回数」というのが、論文の価値や、雑誌の価値の評価に使われることもある）。
また、タイトルの下にはいろんなボタンが表示されている。
[Abstract + Refs] 論文の要旨と引用文献リスト [View at Publisher] その論文の電子ジャーナルの出版社へのリンク [S・F・X] 千葉大学の図書館情報システムで、その論文にアクセスする方法が表示される
上の検索結果から、4番目の論文を見てみよう。"Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America"という雑誌で、略してPNAS（日本語では「プロナス」とも言う）という雑誌に発表された論文で、ラフレシアの系統関係について書かれた論文らしい。2004年に発表された論文だけど。他の論文に15回も引用されているということが分かる。つまり、この論文を引用して書かれた、これより新しい論文があるということだ。
入力したキーワードでヒットしなかったもっと新しい論文が、Cited Byのところにあるかもしれない。
そこで、「Cityted by」の15という数字をクリックすると、この論文を引用している論文のリストが表示された。
タイトルとジャーナルのところを見て行くと、2007年にScienceに発表された論文が２番目にある。タイトルは、「Floral gigantism in rafflesiaceae」：（ラフレシア科における花の巨大化）。面白そうだ！
Journal の検索では、こうやって、ScopusやGoogle Scholar、また、その論文の電子ジャーナルのサイトにのっている「Cited by」のリストから、どんどん論文を辿って行き、目的の論文や、興味のある論文を探す。その分野のブレークスルーになった論文を検索して、「Cited by」をたどれば、その研究の発展の経過と、最新の研究まですぐにたどり着くことができる。
さて、いま見つけた「Floral gigantism in rafflesiaceae」の下にある「View at Publisher」のボタンをクリックすると、出版社におけるその論文のページが表示される。左の方の「Full Text (HTML）」か下の「Read the Full Text」をクリックすると、内容をウェブページとして読むことができるし、「Full Text (PDF)」をクリックすると、PDF（Portable Document Format）を読むことができる。
今回はこの論文紹介するプレゼンテーションを、Power Pointで作ることにする
なお、
英語なのは仕方が無いです
上とおなじ検索をGoogle Scholar http://scholar.google.com/ を使ってやってみよう。また、「引用元」（上のCited byに相当）を表示させてみよう。
論文はウェブページ上で読んでも、PDFでも読んでもどちらでも構わない。それぞれに利点があり、
私は普段は、HTMLで読むことの方が多いが、ノートパソコンにダウンロードして、PDFでも読むことも多い。今回はPDFを使って、画像やテキストをPower Pointに移動して使う方法をやってみる。
たった１頁の短い論文だ。論文の形式は、
アブストラクト イントロダクション 材料と方法 結果 考察 引用文献というのが一般的だが、この論文はScience誌のBreviaというカテゴリーに入る論文で、広範な分野の科学者に魅力的で理解可能な課題に関する研究成果を600〜800語の本文と1点の図表、および6件以内の参考文献で発表したものだ。そのため、上のような区分は無い。
ウェブページの方にはアブストラクトが載っているので、ざっと読む。また、１点しかない図版が非常に重要だろうから、図版の説明も読む。そうすると、この論文は、「ラフレシア科の系統関係をミトコンドリアDNAの塩基配列を用いて明らかにしたもので、花の大きさの進化について議論している」ぐらいのことが分かると思う。このとき、「この論文をなぜ他の人に紹介したいのか」ということをちゃんと考えておく。出たばっかりの論文を紹介する限り、
最新の研究成果だから紹介するという理由は使えるので、他の理由は、論文を読みながら考えればいいだろう。
さて、いくら１ページ限りの論文だとはいえ、この授業時間内で詳しく見て行くのは不可能だろう。あとは各自で読んで貰うとして、論文を読むときに注意するべき点をいくつか挙げておこう。
〜〜という重要な問題を・・・という方法で（orアイデアで）解決したぞ（どうだ、すごいだろ！？）。
論文紹介がどういうものかということは上で説明した。大事なことは、「あなたがある論文読んで、他の参加者に面白さや注目すべき点を理解して貰えるように紹介すること」だ。つまり、「他の参加者に理解してもらう」という点で、プレゼンテーションの技術が必要になってくる。論文紹介のよくある失敗例は、
・論文の内容を全て逐語訳して、レジメを参加者に配布 ・発表するときにも、レジメの内容を読み上げるだけ
というもの。参加者にとっては、下手な日本語訳を聞かされるよりは、自分でその論文を読む方がよっぽどいい。
ここでは、上の論文を紹介する場合の話しの大筋を考えて、その中から、Power Pointを使ったプレゼンテーションに仕立てた方が良い項目を選び、実際のスライドを作成しよう。
以下、論文紹介で使われる話しの筋立てを常に簡略化して示す：（上の論文を例にとって、あなたからの発言例を挙げてある）
それでは、上のテンプレートに沿った内容でPowerPointのプレゼンテーションを作る。時間節約のため、ひな形を準備しておいた。下のリンクからダウンロードしよう。
http://bean.bio.chiba-u.jp/joho/index.php?joho19%2FPROJECT#h96b47a1
以下、説明はダウンロードした書類の中に書いてある。画像などの編集が必要なところは、□の中にコメントしてある。授業では、PowerPointの書類とPDF、ウェブページを同時に開き、図版のコピーペーストや、説明文の挿入を解説する。
前々回、班分けをして貰って、プロジェクトの企画書を提出してもらいました。H19学生ページにそれぞれの班のページを新に作って、企画書の内容を記入しておきました。また、それぞれの班のページには、メンバー間で意見交換がしやすいように、コメントを投稿できるようにしておきました。PowerPointを使っての、プロジェクトの成果発表は、次の日程で行います。
7月19日（木） 持ち時間、１班9分 自分の班以外の発表を評価して順位をつける
発表に間に合うように、プロジェクトを実行し、プレゼンテーションを準備してください。
前回の予習課題でRのインストールをやって貰いましたが、うまく出来なかった人がいるかもしれません。まず、全員がRをインストール出来ていることを確認します。まだインストール出来ていない人は、次の手順でインストールしてください。
Z:\R\R-2.5.0−残りは、「次へ」やOKをクリックする。バージョン情報をレジストリに書き込むかという質問のチェックボックスははずしておくこと。
Rがインストールできた人は、次のサイトに書かれている説明文を読んで下さい。どれでもいいから、説明にある通りの解析や、グラフの作成を試して見て下さい。
まず、インストールしたRのフォルダで、Rのアイコンをダブルクリックする。
そうすると、画面が切り替わり、小さいウィンドウの中にいくつかのメッセージと、一番最後に、
>
が表示される。この">"をプロンプトと言う。プロンプトの右側には通常、カーソルがあり、「このマークの後に何かコマンド(命令）を打ち込んでくださいよ」とあなたに促している。式を入力して、最後にenter（or returnキー）を押せば計算される。
以下、Rを使った簡単な計算です。プロンプト（>）から右の部分をコピーペーストすれば、計算できます。
> 4/3*pi*5^3 #半径5の球の体積 > pi #円周率が表示される（デフォルトでは小数点以下6桁まで） > (1+ 2 + 3 + 4 + 5 )/5 #式の間に半角スペースがいくつか入っても大丈夫 > 【ここでキーボードの上矢印（↑）を押す】 > (10 + 2 + 3 + 4 + 15 )/5 #前に入力した式が表示されるので、左矢印（←）でカーソルを動かし修正
Rでは、好きな名前をつけたオブジェクト（"もの"）に、数値や文字列などのデータを代入できます。オブジェクトには大文字小文字の区別があります。
> x = 3 #xに3という数字を代入した > X = 4 #Xに4という数字を代入した > x + X #xとXの足し算 （なお、#の後はコメント文と呼ばれ、処理には関係の無い説明を書いておける）
なお、上では"="を使って数値を代入しましたが、 "<-"を使っても同じことができます。
> x <- 3 > X <- 4 > x+X
c() という関数で、オブジェクトにベクトルを代入できます。 > x=c(1,2,3,4,5,6,7) >
entterキーを押しても何もおこらない？いえいえ。エラーメッセージが何も表示されず、新しいプロンプトが表示されたら大成功。上のようにならなかった人は、半角・全角の文字の違いとコンマやカッコに注意してもう一度やってみよう。
上で行った操されているはずです。では、プロンプトの後に"x"と入力して、結果を見てみよう。
>x [1] 1 2 3 4 5 6 7
上の用に表示されれば成功です。では、いよいよ、統計解析の基本、平均値の計算です。mean()という関数（meanは英語で平均値の意味）で平均値が計算できます。コマンド（命令）の入力に自信の無い人は、下の囲みの中をコピー・ペーストしてください。
>mean(x) [1] 4
平均値"4"が表示されれば大成功。これで、あなたがRを使って行う、初めての統計解析は、無事に成功しました。
では、数値をもう少し変えて、自分の好きな値で計算してみよう。。。
上で説明したように、キーボードの"↑"記号を何回か押してみると、
> x=c(1,2,3,4,5,6,7)
と表示された。そしたら"←"と"Back space"などを使って、数値を好きに変更して、最後に"Enter"キーを押そう。
> x=c(1232,223.33,3 ,4 , 5666)
半角文字であるかぎり、別にスペースがいくつ入っていても大丈夫。入力したら、上と同じことをしてみると、
> x [1] 1232.00 223.33 3.00 4.00 5666.00 > mean(x) [1] 1425.666
はい。これで、自分の好きな値を入力して、平均を計算することができた。ついでに次のコマンドも試してみよう。
> summary(x) #サマリー関数といい、基本的な統計量が表示される。
これで「最小値，第1四分位点，中央値，平均値，第3四分位点，最大値」が表示された。もっと沢山のデータをオブジェクトに代入する場合には、scan()関数を使う。
> y=scan() 1:
"y=scan()"と入力すると、上のように"1:"と表示されるので、身長・体重データ にある最初の囲みの中（身長データ）をコピーして、"1:"の後にペーストして、enterキーを何度か押そう。最後に
111: Read 110 items
と表示されれば成功。これで"y"というオブジェクトに沢山の身長データが入った。
> y #yとだけ入力して、データを確認 > summary(y) #サマリーを表示
最後に、hist()という関数を使って、ヒストグラムを描かせよう
> hist(y)
./08
良くある間違い： joho19/07s9999/06 というページを作るべきなのに joho19/07s9999/05/06 としてしまったとか
*第8回授業・基本課題 **氏名： **課題への回答 -今日の授業の進み方は？（はやい、丁度いい、おそい） --回答： -今日の授業の難しさはどう感じましたか（簡単すぎ 簡単 丁度いい 難しい 難しすぎ）： --回答： -難しいと答えた人は、特にどの点が難しかったですか？： --回答： -今日の授業は（よく分かった 分かった 分からなかった）： --回答： -分からないと答えた人は、特にどの点が分からなかったですか？： --回答： -今日の講義で理解できなかった用語があったら挙げてください： --回答： -次回からは統計解析をやってみます。何かやってみたい統計解析はありますか？ --回答： -統計解析についていくつか質問します。はい、いいえで答えてください --帰無仮説という言葉を知っていますか？： --有意差という言葉を知っていますか？: -次の設問に答えてください。答えた理由をなるべく詳しく書いてください -A君とB君の兄弟は、おやつをとる順番を、いつもじゃんけんで決めています。でも、B君は何となく、 A君の方がじゃんけんに勝つ回数が多いなーと感じています（ケーキでいちごの乗ったところを貰えない ことが多い...）。ある日、B君がA君に「もうじゃんけんで決めるのやめようよ。お兄ちゃんはじゃんけ んに強すぎるもん」って言うと、A君は、「そんなことは無いよ。だって、じゃんけんなんだから、単なる 偶然だよ」と言ってとりあってくれません。最近20回分のじゃんけんの結果をみると、A君の勝ちが15回、 B君の勝ちが5回でした。この結果から、A君の方がB君よりもじゃんけんに強いと言っていいでしょうか？ --回答： **課題2 【ここに課題2の答えを貼り付けて下さい】 **課題3 【ここに課題3の答えを貼り付けて下さい】 #comment
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