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*MESQUITEのごく簡単な使い方 [#n95dc40f]
**祖先形質状態の推定 [#w892a385]
>[[USING HETEROCHRONY TO DETECT MODULARITY IN THE EVOLUTION OF STEM DIVERSITY IN THE PLANT FAMILY MORINGACEAE>http://www.bioone.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1554%2F05-678.1]]を参考にして、Mesquiteを使ってみる。
+Mesquiteを起動
+新しいファイルを開く: File > New : moringaceae.nexという名前にする
--New File Optionsを聞かれるので: Make Taxa Blockにチェック、Nameに"Moringaceae", Number of Taxaに14, Show Tree Windowにチェック、Make Character MatrixにチェックしてOK
--New Character Matrixのウィンドウが開くので、Name of character matixに"Stem Diversity", Number of charactersに1、Type of Dataを"Standard Categorical Data"にしてOK
+Taxaの名前を入力: 系統樹が表示されている場合は、ウィンドウ上部のタブで"Character Matrix "Stem Diversity"をクリック
--taxon1 から taxon14までを下の名前と入れ替える。
--右側のカラムの"1"の下の空欄に、"Stem Type"と入力し、そのしたの"?"のついたカラムを、下のデータ(0, 1, 2)と入れ替える。
Cylicomorpha 0
M.drouhardii 0
M.hildebrandtii 0
M.stenopetala 0
M.ovalifolia 0
M.peregrina 1
M.concanensis 1
M.oleifera 1
M.borziana 2
M.pygmaea 2
M.arborea 1
M.rivae 1
M.ruspoliana 1
M.longituba 2