*MESQUITEのごく簡単な使い方 [#n95dc40f]
**祖先形質状態の推定 [#w892a385]
>[[USING HETEROCHRONY TO DETECT MODULARITY IN THE EVOLUTION OF STEM DIVERSITY IN THE PLANT FAMILY MORINGACEAE>http://www.bioone.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.1554%2F05-678.1]]を参考にして、Mesquiteを使ってみる。

+Mesquiteを起動
+新しいファイルを開く：　File > New : 　moringaceae.nexという名前にする
--New File Optionsを聞かれるので： Make Taxa Blockにチェック、Nameに"Moringaceae", Number of Taxaに14, Show Tree Windowにチェック、Make Character MatrixにチェックしてOK
--New Character Matrixのウィンドウが開くので、Name of character matixに"Stem Diversity", Number of charactersに1、Type of Dataを"Standard Categorical Data"にしてOK
+Taxaの名前を入力：　系統樹が表示されている場合は、ウィンドウ上部のタブで"Character Matrix "Stem Diversity"をクリック
--taxon1 から taxon14までを下の名前と入れ替える。
--右側のカラムの"1"の下の空欄に、"Stem Type"と入力し、そのしたの"?"のついたカラムを、下のデータ(0, 1, 2)と入れ替える。
 Cylicomorpha     0
 M.drouhardii     0
 M.hildebrandtii  0
 M.stenopetala    0
 M.ovalifolia     0
 M.peregrina      1
 M.concanensis    1
 M.oleifera       1
 M.borziana       2
 M.pygmaea        2
 M.arborea        1
 M.rivae          1
 M.ruspoliana     1
 M.longituba      2