*講義メモ：Cygwinを用いたUnixライク環境の体験 [#ob72433f]
系統解析ソフトウェアには、Mac版PAUP*やMesquiteのように、使いやすいグラフィックインターフェースを備えていないものが多くあります。また、ソースコードで配布されるため、自分の環境に合わせてコンパイルしなければ使用できないものも多くあります。そういうソフトウェアを操作し、自分のコンピュータで使えるようにするには、Unix系のコマンドラインでの操作に慣れておくと便利です。この講義では、Windows上で走るUnix環境エミュレータであるCygwinを使って、r8sのコンパイルと、PAML等のソフトの操作を体験します。

**準備：Cygwinのインストール [#mef1baf8]



 $ pwd
 /home/user1	#自分が今いるディレクトリ
 
 $ ls		#そのディレクトリの内容をリスト
 r8s1.71  sample
 
 
 $ cd r8s1.71	#r8s1.71というディレクトリに移動
 
 $ ls
 bin  doc  sample  src
 
 $ cd src	#srcディレクトリに移動
 
 $ make		#コンパイル。うまくゆくと、srcディレクトリ内にr8s.exeができる。
 
 $ mv r8s.exe /usr/local/bin	#できた実行形式ファイルを、/usr/local/binに移動
 				#こうしておくと、ファイル名だけで実行できる
 
 $ ls /usr/local/bin		#ちゃんと移動できたことを確認
 r8s.exe
 
 $ r8s -v			#起動テスト
 r8s version 1.71 (compiled Dec 12 2007)
 r8s version 1.71 (Dec 12 2007)
 
 r8s>quit			#起動テスト終了