*講義メモ:Cygwinを用いたUnixライク環境の体験 [#ob72433f] 系統解析ソフトウェアには、Mac版PAUP*やMesquiteのように、使いやすいグラフィックインターフェースを備えていないものが多くあります。また、ソースコードで配布されるため、自分の環境に合わせてコンパイルしなければ使用できないものも多くあります。そういうソフトウェアを操作し、自分のコンピュータで使えるようにするには、Unix系のコマンドラインでの操作に慣れておくと便利です。この講義では、Windows上で走るUnix環境エミュレータであるCygwinを使って、r8sのコンパイルと、PAML等のソフトの操作を体験します。 #contents **準備:Cygwinのインストールとr8sのダウンロード [#mef1baf8] -Cygwinを右のサイトからダウンロード http://cygwin.com/ -デスクトップ上のSetupをクリックしてインストール --c:\cygwinにインストール --インストールするパッケージの選択で、Devel(開発環境)のいくつかのセットを選択しておく make gcc #C compiler 一つクリックすると、関連するものがすべて選択される。 gcc-g77 &ref(./WS000000.JPG,50%); -インストールが終了したら、デスクトップかスタートメニューのCygwinアイコンをクリック。コマンドラインウィンドウが表示される。 -一度立ち上げることで、c:\cygwinに/home(自分のユーザー名:以下の例ではuser1)というディレクトリができる。 -これでUnixライクな環境が構築できた。 --[[See Tutorials for Unix/Linux >http://workshop.molecularevolution.org/resources/computing.php]] -r8s を右のサイトからダウンロード http://loco.biosci.arizona.edu/r8s/~ eoなどの解凍ソフトがインストールされていたら、ファイルが自動的に展開されて、r8s1.71というフォルダができる。 -このフォルダを、c:\cygwin/home/user1 に移動 **r8sのインストールとサンプルファイルの解析 [#kb0c2d51] -cygwinを立ち上げ、以下のコマンド($ の後の文字)を順番に入力 $ pwd /home/user1 #自分が今いるディレクトリ $ ls #そのディレクトリの内容をリスト r8s1.71 sample $ cd r8s1.71 #r8s1.71というディレクトリに移動 $ ls bin doc sample src $ cd src #srcディレクトリに移動 $ make #コンパイル。うまくゆくと、srcディレクトリ内にr8s.exeができる。 $ mv r8s.exe /usr/local/bin #できた実行形式ファイルを、/usr/local/binに移動 #こうしておくと、ファイル名だけで実行できる $ ls /usr/local/bin #ちゃんと移動できたことを確認 r8s.exe $ r8s -v #起動テスト r8s version 1.71 (compiled Dec 12 2007) r8s version 1.71 (Dec 12 2007) r8s>quit #起動テスト終了 $ cd /home/user1/r8s1.71/sample #sampleファイルのディレクトリに移動 $ ls SAMPLE_1.7 SAMPLE_CROSSVAL SAMPLE_LOCAL_CLOCK SAMPLE_SUPERTREE SAMPLE_CONSTRAINTS SAMPLE_FLU SAMPLE_SIMPLE $ r8s -f SAMPLE_SIMPLE #sampleファイルを一つ解析してみる。結果がすぐに表示される。 **PAML, Multidivtimeのbinディレクトリへのインストール [#of7b523a] これらのファイルはウィンドウズのコマンドプロンプトからでも実行できるが、パスの設定が面倒な場合がある。また、cygwinのシェルを使う方が、コマンド入力や解析が便利な場合がある。そこで、実行形式ファイル(exeファイル)をパスの通ったc:\cygwin//usr/local/binにまとめておく。~ //(注:大量の繰り返しを必要とする解析の場合、Cygwin環境で使うと計算速度が遅くなるかもしれない。その場合、コマンドプロンプトから実行する方が良いかもしれない。) ***PAMLのダウンロードと動作確認 [#c17db6c1] -右のサイトからPAMLをダウンロード。 http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html~ eo等がインストールされていれば、paml4というフォルダが自動的に展開される。この中のbinフォルダに入っている以下9つのexeファイルを、すべて、 c:\cygwin/usr/local/bin に移動。 baseml.exe basemlg.exe chi2.exe codeml.exe evolver.exe mcmctree.exe pamp.exe TreeTimeJeff.exe yn00.exe -cygwinで確認 #下の様に表示される。 $ ls /usr/local/bin TreeTimeJeff.exe basemlg.exe codeml.exe mcmctree.exe r8s.exe baseml.exe chi2.exe evolver.exe pamp.exe yn00.exe -paml4フォルダをc:\cygwin/home/user1/ディレクトリにコピー。doc, bin, src, Technicalというディレクトリは不要なので削除。 $ ls /home/user1 paml4 -cygwinで下記の様に入力して、codemlの動作確認] $ cd /home/user1/paml4 $ codeml #解析結果が画面に表示される ***Multidivtimeのダウンロードとbinディレクトリへのインストール [#c4067225] -右のサイトからmultidivtimeをダウンロード: http://statgen.ncsu.edu/thorne/multidivtime.html~ デスクトップ上にmultidistributeというフォルダができる。フォルダを開いて種類で並び替え、以下4つのファイルを c:\cygwin/usr/local/binに移動。 estbranches_aa.exe estbranches_dna.exe multidivtime.exe paml2modelinf.exe -cygwinで確認 #下の様に表示される。 $ ls /usr/local/bin TreeTimeJeff.exe chi2.exe estbranches_dna.exe multidivtime.exe r8s.exe baseml.exe codeml.exe evolver.exe paml2modelinf.exe yn00.exe basemlg.exe estbranches_aa.exe mcmctree.exe pamp.exe -サンプルファイルの入ったフォルダ, multidistribute を/home/user1にコピーしておく。| Pamlの場合と同様に、サンプルファイルの入ったフォルダの中から、multidivtimeの実行ファイルを実行できる。 **その他、Cygwin環境で使うと便利なソフトウェア [#xb512a1a] -MrBayes http://mrbayes.scs.fsu.edu/ -MrModeltest http://www.abc.se/~nylander/ いずれも、上で説明した他のソフトウェアと同様に、ダウンロードしたら、c:\cygwin/usr/local/bin/ に入れておく。Unix系の操作が必要な解析のデータファイルはいつも自分のホームディレクトリ(/home/user1)に入れておくと決めておくとよい。。解析ごとにサブディレクトリをつくれば、データの整理が簡単になる。