*系統学特論 [#c048f56f] -授業コード: -対 象: 地球生命圏科学専攻 -場 所: 自然科学2号館2階・マルチメディア講義室 -時 間: 火曜・3限 -実施日: 4月 22日, 5月13日, 27日, 6月10日, 24日, 7月8日 -担 当: 綿野 泰行 ・ 梶田 忠 **注意事項: [#sd7ec46e] ※ 講義室で行う講義は全部で6回です。それ以外の週は、課題用のデータを各自で解析し、必要に応じて個別指導を受け、レポートとして提出します。~ ※ 授業には、できる限りインターネットに接続できるノートパソコンを持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。 - http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/ 「授業/H20/系統学特論」 -初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。 -※連絡先: --綿野(内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室 --梶田(内線2818, &ref(授業/tk.gif);), 理3・407号室 **分子系統学の授業の進め方 [#g630965e] -1)実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。 -2)授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自必要に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。 -3)この作業を5回ほど繰り返す。 **内容 [#t3ec1af2] -第1回目(4月22日):ガイダンス: Guidance --使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares. -第2回目(5月13日):分子進化と遺伝的浮動: Molecular evolution and Random Genetic Drift --中立突然変異が固定する機構 --プログラム:エクセル --授業の資料を[[授業/H20/系統学特論/bbs]]からダウンロードしてください。 -第3回目(5月27日):DNAデータベース:検索とダウンロード: DNA database, Query and download data --DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強 --プログラム:メモ帳, ClustalX -第4回目(6月10日):塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成: Alignment of nucleotide sequence data and basic method of inferring phylogenetic tree --距離行列法 --プログラム:Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView -第5回目(6月24日):最節約法: Maximum parsimony methods --最節約法の原理と実際 --PAUP -第6回目(7月8日):最尤法: Maximum likelihood method --分子進化のモデルと最尤法の実際 --[[授業/H17/系統学特論/PAUPブロック]] //--[[課題で使うデータファイルDIPTERO.NEX>http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/index.php?plugin=attach&refer=%E6%8E%88%E6%A5%AD%2FH17%2F%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E5%AD%A6%E7%89%B9%E8%AB%96%2F%E6%9C%80%E5%B0%A4%E6%B3%95&openfile=DIPTERO.NEX]] //**[[掲示板>授業/H19/系統学特論/bbs]] [#zc5c70ee] //**[[授業関係資料のダウンロード<閲覧制限>>K10_tokuron_Download]] [#sf8bcdcb] //-[[系統学特論ダウンロード>K10_tokuron_Download]] //-授業で使うソフトウェアやデータは、上のリンク先からダウンロードできます。 //--プログラム:ModelTest **[[授業関係資料のダウンロード<閲覧制限>>K10_tokuron_Download]] [#i9bf9eff] -[[系統学特論ダウンロード>K10_tokuron_Download]] -授業で使うソフトウェアやデータは、上のリンク先からダウンロードできます。 --プログラム:ModelTest, PAUP **掲示板 [#o4cd6a5e] [[授業/H20/系統学特論/bbs]] **参考書: [#a0798ef3] -Pylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN: 0878933123 ; 2nd **リンク [#e7daab7e] >各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。 >Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト http://www.sinauer.com/hall/ >Mega http://www.megasoftware.net/mega.html >Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html //>TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html >DNAsp http://www.ub.es/dnasp/ >Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html >Modeltest http://darwin.uvigo.es/ >PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html >PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/ >MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html