*開　講　通　知　（平成20年度後期集中授業） [#h904b3f1]

科目名：　系統解析論~
対　象：　大学院自然科学研究科・博士後期課程・地球生命圏科学専攻~
単位数：　2単位~
場　所：　自然科学２号館2階・221・222ゼミ室~
開講日：　2009年　1月19 - 23日~
担　当：　宮　正樹 ・ 梶田　忠（&ref(授業/tk.gif);）~
時　間：　下記の通り~
1月 19日（月）	10:30-(午前・午後)　 221ゼミ室~
　　　　　　　　　　　　「系統解析論・ベイズ系統入門・大規模データを用いた最尤分析」（宮）~
1月 20日（火）	10:30-(午前・午後)　 221ゼミ室~
　　　　　　　　　　　「分岐年代推定と種分化パターンの分析」（宮）~
1月 21日（水）	10:30-(午前・午後)   221ゼミ室~
　　　　　　　　　　　「系統解析の実際と応用」（梶田）~
1月 23日（金）	10:30-(午前・午後) 　 222ゼミ室~
　　　　　　　　　　　「系統解析の実際と応用」（梶田）~

#contents
**宮担当分 [#b293c052]
　系統樹に時間軸を入れることにより，様々な進化的事象が明らかになるということを実例を使って講義する．
-教室：千葉大学自然科学研究科１号館３階セミナー室~
Build. 2 of Graduate School of Science and Technology. 2nd floor, seminor room 221.
-2009年1月19日（月）　10:30- (午前・午後）　　
--「系統解析論・ベイズ系統入門・大規模データを用いた最尤分析」
-2009年1月20日（火）　10:30- (午前・午後)
--「分岐年代推定と種分化パターンの分析」

**受講生への連絡：　ANNOUNCEMENT [#g34fe216]
■ 宮担当授業(1月19,20日）を受講する学生は、ノートパソコンを持参すること（Mac/Win どちらでも構わないが，できれば UNIX の環境を実装してきてほしい）~
※ Students are expected to prepare a notebook computer to be used in the class by themselves.   Unix environment  should be prepared.

■ 下記ソフトウェアをダウンロードし，ソースコードの場合は実行できるようにしておくこと（できるように努力すること）~
※ Following softwares should be installed and be tested to run.

-1) MrBayes~
http://mrbayes.csit.fsu.edu/

-2) multidistribute~
http://statgen.ncsu.edu/thorne/multidivtime.html

-3) PAML~
http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

-4) TreeView ver. 0.4.1~
http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7erpage/treeviewx/

■ 受講者以外の聴講を受け付けます。12月10日までに梶田（&ref(授業/tk.gif);）までメールで連絡してください。閲覧制限ページへのアクセス方法などをお知らせします。
>※受講者は%%%''12月10日''%%%までに受講確認メールを必ず梶田まで送って下さい。~
※授業では実際にノートパソコンを操作する場合があります。~
受講者は授業に持参できるノートパソコンを準備しておいてください。~
　準備しておくべきソフトウェアの詳細などは、受講確認メールへの返信と、このページで連絡します。
~
~
※ Students must send an e-mail to T. Kajita (e-mail address shown above) to confirm your registration to the class until %%%'' 10 Dec.''%%%~
※ Students are expected to prepare a notebook computer to be used in the class by themselves. ~
　 Notices on applications to be  prepared will be sent to your e-mail address or announced in this web page.



**梶田担当分 [#w1671a2f]
-「系統解析の実際と応用」・他
-開講日:  2009年1月21（水）, 23日（金）：　午前10:30  ~
Day:  21, 23 January, 2009.  AM 10:30-~
-教室：　千葉大学自然科学研究科2号館2階ゼミ室 (221, 222)~
Build. 2 of Graduate School of Science and Technology.  2nd floor, seminor room, 221, 222.
~
//-上記日程について意見のある人は、メールで連絡するか下のコメント欄に記入してください。~
//If you have any comments on Kajita's part of the class,  fill in the form below or send e-mail to the address above.
//***[[制限ページ・Resricted Page>授業/H19/系統解析論/REST]] 
//***Information on Kajita's Part of the Class 
>
In my part of the class, you will do some phylogenetic analyses by yourself with my guidance. A note book computer is necessary to attend to my class.  Wireless LAN is recommended.
~In the 1st lesson, I will ask you some questions about what kind of phylogenetic analyses you want to perform in this class.  You may choose any organisms of which you want to know phylogenetic relationships, or may want to confirm some results of published paper involving phylogenetic analyses.  This will be your own project.   Performing your  project, you will learn the basic procedures to obtain data from GenBank,  to align DNA data, and to perform various further analyses.  I will give you some general guidance for everyone at first, and you will perform your project by yourself and think about problems you encountered or further necessary analyses until next week.~
~
In the 2nd lesson,, I will ask you any problems you currently have in your analyses, or what is your further analyses.  I will give necessary guidances according to your answers.~
~
In the 3rd lesson,, you will present the results of your project.  All the attendants will make questions and comments  to each of presentations. ~
~
You can ask me any questions by e-mail, or visiting my room.~
~
I will show you how to install or run some software for phylogenetic analyses in the classes, but unfortunately I will use Macintosh computer this time, as my windows note has just been broken.~
~
■梶田担当分について~
~
私の担当分では、ガイダンスを参考にしつつ、皆さん自身に系統解析を実際にやっていただきます。ノートパソコンが必要になりますので、持ってきてください。ワイヤレスLANが使える方が良いです。~
~
初日のクラスでは、皆さんにどのような系統解析をしたいか質問します。自分の好きな生物の系統関係を調べるのでも構いませんし、いずれかの論文に出版された、系統解析を用いた研究結果を確認するというのでも構いません。それがこの授業におけるあなたのプロジェクトになります。プロジェクトを進める上で、GenBankからDNA配列データを集めることや、アラインメントを行うこと、そして、さらに様々な解析を実際に行う方法を学びます。各人のプロジェクトに必要な解析方法の基本については最初の授業で解説しますので、次の週までに自分で解析を進めめ、その過程で生じた問題点と、さらに必要になった解析を考えておいてください。~
~
２回目のクラスでは、皆さんがどのように自分のプロジェクトを進めたかを簡単に答えて貰い、問題解決の方法や、さらに必要な解析の方法を解説します。~
-[[Mesquiteを用いた祖先形質状態の復元>授業/H19/系統解析論/Mesquite]]
-Arlequin3のインストールと、プロジェクトファイルの作成。ハプロタイプと集団を用いた解析についての解説。
-[[Cygwinを用いたUnixライク環境の体験>授業/H19/系統解析論/cygwin]]
-[[複数領域のデータを連結し、領域ごとに異なるモデルを選択してベイズ解析>授業/H19/系統解析論/REST/mrbayes]]（書きかけ項目につき制限ページに移動）

>
３回目のクラスでは、皆さん自身に、自分のプロジェクトの結果を発表してもらいます。また、参加者の皆さんに、質問やコメントを述べてもらいます。~
~
質問などはメールで受け付けますし、部屋に訪ねていただいても構いません。~
~
なお、受講者全員がWindowsユーザーであるため、Windows環境を対象に解説しています。~
~


**Quick Link to Softwares [#k9d1c7e6]
-各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
-Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
-TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
-NJPlot  http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html
-Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
-PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
-MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
--JRE5 Mesquiteに必要な、Java 環境　http://java.sun.com/javase/downloads/index_jdk5.jsp
-Arlequin http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3/
-GenAlex  http://www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/
-r8s  http://loco.biosci.arizona.edu/r8s/
-- Windowsでr8sを動かすためにCygwinを使ってコンパイル： Cygwin  http://cygwin.com/
-MrBayes http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php
-MrModeltest  http://www.abc.se/~nylander/
-Modeltest http://darwin.uvigo.es/
-PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
-DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
-Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
-K2Editor  http://k2top.jpn.org/index.php?K2Editor
-Tracer: http://tree.bio.ed.ac.uk/download.html?name=tracer&version=v1.4&id=54&num=2
-GARLI  http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/garli/Garli.html
-RAXML http://icwww.epfl.ch/~stamatak/index-Dateien/Page443.htm
--memo: cygwin環境下でmake, "raxmlHPC  -m GTRCAT -n rana -s rana.phy"でテストラン