*最(大)節約法：　Maximum Parsimony Method [#yf344fa3]
#contents
**Tools will be used today [#x3a45234]
-PAUP Demoを使って演習をしようと考えていたが、Windows 7では動作しない可能性がある。そこで、PHYLIPを使った演習に変更する。

**予備知識確認テスト [#f8029918]
授業を開始する前に、次の問いに答えてもらいます。
>Table 1.
#ref(授業/H17/系統学特論/最節約法/課題１/ex1.jpg,90%)

-問1：Table 1のマトリクスから最節約法を用いて最節約系統樹を作成しなさい。系統樹の表記法は下の例に従うこと。
~Infer the most parsimonious trees using the data shown in Table 1.

-問2：Table 1のマトリクスから得られた系統樹の樹長を答えなさい。
~Answer the tree length of the tree inferred from the data of Table 1.

-問3：次の用語を説明しなさい。
~Explain the following terms
--3-1: 単系統群(monophyletic group)
--3-2: 共有派生形質(synapomorphy)
--3-3: 外群(outgroup)

***系統樹の表記法（ニューイックフォーマット, Newic Formst) [#mc45a411]
>
下の系統樹は　(M(N(A(B C))))　と表記する。
#ref(授業/H17/系統学特論/最節約法/課題１/ex3.jpg,70%)

//**[[授業/H17/系統学特論/PAUP*使用法]] [#b9e9d3f2]
//>授業で使ったスライドと説明です。Fasta形式ファイルをMEGAで開いてNEXUSファイルを作り、PAUP*で解析するところまでが説明されています。

**第5回：7月6日授業課題 [#b636da1b]
***NEXUSファイルの生成までをウェブベースで行う方法 [#p2b30254]
-1.ホームページからデータファイル（&ref(授業/H19/系統学特論/MP/rbcL_plant.fst);)をダウンロード。テキストエディタで開き、内容をコピーして、EMBLのサイトでClustalWアラインメントして、pir形式で出力
Download（&ref(授業/H19/系統学特論/MP/rbcL_plant.fst);) and open it by text editor.  Copy all the contents and paste them to ~
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html~
Do Alignment with specifying the output format pir.
-2. できあがったアラインメントデータの内容をすべてコピーし~
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/readseq.html~
のウェブ版ReadSeqプログラムにアクセスして、テキストエリアにペースト。output formatに PAUP/NEXUSを選んで Perform Conversion.~
できあがったNEXUSフォーマットをコピーして、テキストエディタにペーストし（PAUP*でも良い）、.nexという拡張子をつけてセーブ。
Copy the aligned data and paste them to ~
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/readseq.html~
and paste into the text area.  Choose PAUP/NEXUS for the output alignment and perform conversion.~
Save the data as a file with an extension (.nex).
***課題の提出期限：7月13日 [#e1c8e14f]
-Deadline: 13 July.

**[[授業/H17/系統学特論/PAUPブロック]] [#oe1cf8f6]
-PAUPを使った系統解析演習に必要なPAUPブロックの例です。コピーペーストして使って下さい。

**最節約法の基礎 [#o6d88648]
最節約法を基本から勉強したいという人には、次の参考書（なんと無料！）をお勧めします。１コマの講義で節約法の全貌と、ソフトウェアを使った系統推定を理解するのは、初めての人には大変だと思います。以下の文献よ読んで、復習してください。
>The Compleat Cladist　（日本語訳が「系統分類学入門」というタイトルで、文一総合出版から出ている）http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/teaching/CompleatCladist.pdf
>Basics of Cladistic Analysis　（上よりもさらに簡単な内容）http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf~