最尤法による系統樹探索

今年度の授業ではPAUP* betaを用いずに系統推定を行う方法を解説している。
全てフリーソフトを用いて演習を実施するために、

  1. モデルの選択: jmodeltest  http://darwin.uvigo.es/software/jmodeltest.html
  2. 選択されたモデルを用いた最尤系統樹の探索: PHYML  http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
    (マニュアル: http://www.atgc-montpellier.fr/download/papers/phyml_manual_2009.pdf

を用いて行う。PHYMLはPAUP* betaよりも扱うことのできるモデルの数が少ないが、フリーソフトの中では一番多くのモデルに対応している。

1. jmodeltestのダウンロードとモデルの選択