授業/H25/系統解析論/140120memo のバックアップソース(No.2)

バックアップ一覧
差分を表示
現在との差分を表示
バックアップを表示
授業/H25/系統解析論/140120memo へ行く。
- 1 (2014-01-17 (金) 11:16:53)
- 2 (2014-01-17 (金) 15:23:46)
- 3 (2014-01-20 (月) 03:17:46)
- 4 (2014-01-20 (月) 07:42:18)
- 5 (2014-01-20 (月) 15:05:04)
- 6 (2014-01-22 (水) 11:54:27)

[[授業/H25/系統解析論]]

**memo [#y127f6b2]
**Problem in Mac OSX sed: [#g09c5811]
 $ curl -O http://ftp.jaist.ac.jp/pub/GNU/sed/sed-4.2.tar.gz
 $ tar xzf sed-4.2.tar.gz
 $ cd sed-4.2
 $ ./configure --with-libiconv-prefix=/usr --with-libintl-prefix=/usr
 $ make
 $ sudo make install

**sed script to convert TinyXML format to flat tab-delimited format [#s7eada5d]
 #tinyxml.sed
 #最初の３行と空白行、削除
 /<?/d
 /<\!DOC/d
 / <TSeqSet>/d
 /^$/d
 #ループ指定
 :loop1
 #1データの最初の2行は削除
   /<TSeq>/d
   /<TSeq_seqtype/d
 #最初のフィールド読み混み空白から始まる開始タグを削除
    s/ \+<[^>]\+>//
 #2行目を読み混み
    N
  #終止タグと改行と空白に続く次の行の開始タグを削除
    s/<\/[^/]\+>\n \+<[^>]\+>/\t/
  #1データの最後のタグを削除したら、パターンを吐き出し最初へ。置換がおきなければloop1へ戻る
    s/<\/TSeq_sequence>\n<\/TSeq>//
 t loop1
 /<\/TSeqSet>/d
 P
 D
***fields delimited by tab [#q7e4f04d]
 gi	accver	taxid	orgname	defline	length	sequence