系統学特論

注意事項:

※ 講義室で行う講義は全部で6回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。
※ 授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。

系統学特論の授業の進め方

評価:

第1回目(4/15):ガイダンス

第2回目( 5/205/28 ):分子進化と遺伝的浮動

第3回目( 6/3 ):DNAデータベースと近隣接合法による系統樹作成

第4回目( 6/17 ):遺伝子系統樹と種の系統樹

第5回目(7/1):最節約法

第6回目(7/22}→29):最尤法

''注意: 海外出張からの帰国便キャンセルのため、22日に授業を行えなくなりました。8月5日(火曜)に変更します
急な変更で申し訳無いです。この変更で授業参加に支障が出る場合は、個別に連絡下さい。よろしくお願いします。

参考書

授業資料のダウンロード

→ ここから授業資料のダウンロードページができます(受講生のみアクセス可・第2回授業の前後に公開)

リンク

各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。

Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト http://www.sinauer.com/hall/

Phylemon2 http://phylemon.bioinfo.cipf.es.

Mega http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/

Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

DNAsp http://www.ub.es/dnasp/

Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

Modeltest http://darwin.uvigo.es/

PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/

MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html