*西千葉キャンパスの植物 [#ud4411ca]
-キャンパス内を散策し、春の様々な植物を観察する。

*分子系統樹の作成（DNAデータベースの登録データを用いて） [#t527f6fa]

**データのダウンロードと編集用アプリケーションの準備： [#n0fedb1c]
//-クライアントアプリケーション：ENTREZのインストール
//++ftp.ncbi.nih.gov　からダウンロード Mac用、Windows用、Unix用がある
//-（Entrezアプリケーションはバグがあって検索できないことがある。その場合、NCBI Entrezのウェブページから検索する）
-NCBI EntrezのウェブページからデータをFASTA形式でダウンロードして保存する
-http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide
-例: アオキ Aucuba のデータ
++ENTREZを用いて AucubaのatpB-rbcL、psbA-trnHのそれぞれを検索
++AucubaのatpB-rbcL遺伝子間領域のデータをFASTA形式で保存
++同じく、psbA-trnHのデータをFASTA形式で保存

**アラインメント編集アプリケーションの準備 [#v2a4e05e]
- (Mac用）Se-Alのダウンロード（http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html?id=seal）。WindowsではBioEditを使う（H17/系統学特論のページからダウンロードできる）。

**アラインメントデータの連結と系統解析 [#fd3eb446]
-Se-Al又はBioEditを用いて作業を行う。（WindowsではBioEdit）
++atpB-rbcL:アラインメントファイルを編集して、DEFINITION が"chloroplast DNA, atpB - rbcL intergenic spacer"ものだけを残す。Aucuba japonicaの場合、最後の２文字の記号H1, H2, C1, B4などが分かるようにしておく。
++psbA-trnHについても上と同様の操作をする。
++２つのデータで、種名と記号が等しいものを連結して、１つのFASTA形式ファイルにまとめる

**ClustalWによるアラインメント [#l135bba7]
-できあがったFASTA形式のファイルをClustalw（or clustalX）でアラインメントする。NJTreeを作成しても良い。
-アラインメントをPIR形式で出力。

**PAUP*による系統解析 [#b5debec7]
-上で作ったPIR形式のファイルをPAUP*4.0bに読み込んで、最節約法で解析。