*系統学特論 [#be58a849]
-授業コード：  321075XX
-対　象：　地球生命圏科学専攻
-場　所：　総合メディア基盤センター2階電算実習室２
-時　間：　火曜・３限
-実施日：　5月 8日,  15日,  6月5日,  12日,  19日,   7月3日
-担　当：　綿野　泰行 ・ 梶田　忠

**注意事項： [#p487b930]
-※　実習室で講義を行うのは、上記６回です。それ以外の週は、課題用のデータを各自で解析し、レポートとして提出します。
演習には教育用端末を利用します。出席する際には、教育用端末に接続するためのアカウントとパスワードを必ず持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
-  http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　 「授業/H19/系統学特論」
-初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
-※連絡先：
--綿野（内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室
--梶田（内線2818, &ref(授業/tk.gif);), 理3・407号室
 
**分子系統学の授業の進め方 [#yce6b58c]
-1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
-2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析し、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
-3）この作業を5回ほど繰り返す。

**内容 [#qeff2f22]
-第1回目(5月8日)：ガイダンス: Guidance
--使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.

-第2回目(5月15日)：分子進化と遺伝的浮動: Molecular evolution and Random Genetic Drift
--中立突然変異が固定する機構
--プログラム：エクセル
--&size(10){お知らせ：};&size(10){%%%5月15日（火）の授業は&color(red){13:10};から行います。%%%};

-第3回目(6月5日)：DNAデータベース：検索とダウンロード: DNA database, Query and download data
--DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
--プログラム：メモ帳, ClustalX

-第4回目(6月12日)：塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成: Alignment of nucleotide sequence data and basic method of inferring phylogenetic tree
--距離行列法
--プログラム：Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView

-第5回目(6月19日)：最節約法: Maximum parsimony methods
--最節約法の原理と実際
--PAUP

-第6回目(7月3日)：最尤法: Maximum likelihood method
--分子進化のモデルと最尤法の実際
--授業中の解説に使うサンプルファイル：&ref(./PEDIC.NEX);
--[[授業/H17/系統学特論/PAUPブロック]]
--[[課題で使うデータファイル：DIPTERO.NEX>http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/index.php?plugin=attach&refer=%E6%8E%88%E6%A5%AD%2FH17%2F%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E5%AD%A6%E7%89%B9%E8%AB%96%2F%E6%9C%80%E5%B0%A4%E6%B3%95&openfile=DIPTERO.NEX]]
**[[掲示板>授業/H19/系統学特論/bbs]] [#a308da6e]

**[[授業関係資料のダウンロード＜閲覧制限＞>K10_tokuron_Download]] [#d655a572]
-[[系統学特論ダウンロード>K10_tokuron_Download]]
-授業で使うソフトウェアやデータは、上のリンク先からダウンロードできます。
--プログラム：ModelTest, PAUP

**参考書： [#yb8deeaf]
-Pylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN: 0878933123 ; 2nd