*系統学特論 [#c048f56f]
-授業コード：  
-対　象：　地球生命圏科学専攻
-場　所：　自然科学2号館2階・マルチメディア講義室
-時　間：　火曜・３限
-実施日：　4月 22日,  5月13日,  27日,  6月10日,  24日,   7月8日
-担　当：　綿野　泰行 ・ 梶田　忠

**注意事項： [#sd7ec46e]
※　講義室で行う講義は全部で６回です。それ以外の週は、課題用のデータを各自で解析し、必要に応じて個別指導を受け、レポートとして提出します。~
※　授業には、できる限りインターネットに接続できるノートパソコンを持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
-  http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　 「授業/H20/系統学特論」
-初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
-※連絡先：
--綿野（内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室
--梶田（内線2818, &ref(授業/tk.gif);), 理3・407号室
 
**分子系統学の授業の進め方 [#g630965e]
-1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
-2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自必要に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
-3）この作業を5回ほど繰り返す。

**内容 [#t3ec1af2]
-第1回目(4月22日)：ガイダンス: Guidance
--使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.

-第2回目(5月13日)：分子進化と遺伝的浮動: Molecular evolution and Random Genetic Drift
--中立突然変異が固定する機構
--プログラム：エクセル
--授業の資料を[[授業/H20/系統学特論/bbs]]からダウンロードしてください。

-第3回目(5月27日)：DNAデータベース：検索とダウンロード: DNA database, Query and download data
--DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
--プログラム：メモ帳, ClustalX

-第4回目(6月10日)：塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成: Alignment of nucleotide sequence data and basic method of inferring phylogenetic tree
--距離行列法
--プログラム：Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView

-第5回目(6月24日)：最節約法: Maximum parsimony methods
--最節約法の原理と実際
--PAUP

-第6回目(7月8日)：最尤法: Maximum likelihood method
--分子進化のモデルと最尤法の実際
--授業中の解説に使うサンプルファイル：&ref(授業/H19/系統学特論/PEDIC.NEX);
--[[授業/H17/系統学特論/PAUPブロック]]
--[[課題で使うデータファイルDIPTERO.NEX>http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/index.php?plugin=attach&refer=%E6%8E%88%E6%A5%AD%2FH17%2F%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E5%AD%A6%E7%89%B9%E8%AB%96%2F%E6%9C%80%E5%B0%A4%E6%B3%95&openfile=DIPTERO.NEX]]
//**[[掲示板>授業/H19/系統学特論/bbs]] [#zc5c70ee]

//**[[授業関係資料のダウンロード＜閲覧制限＞>K10_tokuron_Download]] [#sf8bcdcb]
//-[[系統学特論ダウンロード>K10_tokuron_Download]]
//-授業で使うソフトウェアやデータは、上のリンク先からダウンロードできます。
//--プログラム：ModelTest

**[[授業関係資料のダウンロード＜閲覧制限＞>K10_tokuron_Download]] [#i9bf9eff]
-[[系統学特論ダウンロード>K10_tokuron_Download]]
-授業で使うソフトウェアやデータは、上のリンク先からダウンロードできます。
--プログラム：ModelTest, PAUP


**掲示板 [#o4cd6a5e]
[[授業/H20/系統学特論/bbs]]
**参考書： [#a0798ef3]
-Pylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN: 0878933123 ; 2nd

**リンク [#e7daab7e]
>各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
>Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト　http://www.sinauer.com/hall/ 
>Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
>Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
//>TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
>DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
>Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
>Modeltest http://darwin.uvigo.es/
>PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
>PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
>MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html