*系統学特論 [#d80205f1]
-授業コード：  
-対　象：　地球生命圏科学専攻
-場　所：　自然科学１号館３階セミナー室（第1-4回）・４階セミナー室（第5, 6回）
-時　間：　火曜・３限
-実施日：　初回開講日：5月 11日
-担　当：　綿野　泰行 ・ 梶田　忠

**注意事項： [#n8955f3f]
※　講義室で行う講義は全部で６回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。~
※　授業には、できる限りインターネットに接続できるノートパソコンを持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
-  http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　 「授業/H22/系統学特論」
-初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
-※連絡先：
--綿野（内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室
--梶田（内線2818, &ref(授業/tk.gif);), 理3・407号室
 
**分子系統学の授業の進め方 [#w0abc7f6]
-1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
-2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自必要に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
-3）この作業を5回ほど繰り返す。

**内容 [#gb65151e]
-第1回目(5月11日)：ガイダンス: Guidance
--使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.

-第2回目（5月18日）：分子進化と遺伝的浮動
--中立突然変異が固定する機構
--プログラム：エクセル

-第3回（5月25日）：DNAデータベース：検索とダウンロード
--DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
--プログラム：メモ帳、Clustal X

-第４回（6月22日):塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成
--距離行列法
--プログラム： Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView

-第５回（7月6日）：最節約法
--最節約法の原理と実際
--PAUP

-第６回（7月27日）：最尤法
--分子進化のモデルと最尤法の実際
--プログラム：　ModelTest, PAUP


**[[授業資料のダウンロード>授業/H22/系統学特論/bbs]] [#p01273f0]
→　[[ここから授業資料のダウンロードページができます（受講生のみ入室可)>授業/H22/系統学特論/bbs]]
**リンク [#y4448eaa]
>各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
>Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト　http://www.sinauer.com/hall/ 
>Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
>Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
//>TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
>DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
>Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
>Modeltest http://darwin.uvigo.es/
>PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
>PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
>MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html