*開　講　通　知　（平成22年度後期集中授業） [#z545f028]

科目名：　系統解析論~
対　象：　大学院自然科学研究科・博士後期課程・地球生命圏科学専攻~
単位数：　2単位~
場　所：　自然科学１号館 4階セミナー室~
開講日：2010年　1月17 - 20日~
担　当：　宮　正樹 （客員准教授・千葉県立中央博物館）・ 梶田　忠（&ref(授業/tk.gif);）~
時　間：　下記の通り~
1月 17日（月）	11:30-(午前・午後)  ~
　　　　　　　　　　　　「系統解析再入門」（宮）~
1月 18日（火）	9:30-(午前・午後)　  ~
　　　　　　　　　　　「ベイズ法と分岐年代推定」（宮）~
1月 19日（水）	10:30-(午前・午後)~
　　　　　　　　　　　「系統解析の実際と応用」（梶田）~
1月 20日(木）	10:30-(午前・午後) 　~
　　　　　　　　　　　「系統解析の実際と応用」（梶田）~
~
なお、 1月18日（月） 10:00 - 11:30には、自然科学研究科2号館マルチメディア講義室で、宮先生担当の生物学総合講義・「魚類系統進化学における最近のトピック：　　メダカからムカシウナギまで」　が開講されます。~
なお、 1月17日（月） 10:00 - 11:30には、自然科学研究科2号館マルチメディア講義室で、宮先生担当の生物学総合講義・「魚類系統進化学における最近のトピック：　　メダカからムカシウナギまで」　が開講されます。~
本講義に深く関連する内容の講義ですので、受講者は必ず参加して下さい。
>講義概要：　ミトコンドリアゲノム全長配列分析によって，魚類系統進化学は大きな進展をとげてきました．「深海魚の三つの科が一つに」「ウナギの祖先は深海魚」「南北メダカの分岐年代」「生きている化石，ムカシウナギの発見」など既成概念を変える発見が相次ぎ，新聞・テレビなどのメディアを賑わせています．これらのトピックについて，背景や方法論の解説を交えた講義を行います．


**受講生への連絡：　ANNOUNCEMENT [#waf8ffac]
■ 宮担当授業(1月17,18日）を受講する学生は、ノートパソコンを持参すること（Mac/Win どちらでも構わないが，できれば UNIX の環境を実装してきてほしい）~
※ Students are expected to prepare a notebook computer to be used in the class by themselves.   Unix environment  should be prepared.

■ 下記ソフトウェアをダウンロードし，ソースコードの場合は実行できるようにしておくこと（できるように努力すること）~
※ Following softwares should be installed and be tested to run.

-1) MrBayes~
http://mrbayes.csit.fsu.edu/

-2) multidistribute~
http://statgen.ncsu.edu/thorne/multidivtime.html

-3) PAML~
http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

-4) TreeView ver. 0.4.1~
http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7erpage/treeviewx/

-5) RAxML~
http://icwww.epfl.ch/~stamatak/index-Dateien/Page443.htm~
※自分のコンピュータに合った実行形式ファイルをダウンロードしてインストールしておくこと

■ 受講者以外の聴講を受け付けます。12月24日までに梶田（&ref(授業/tk.gif);）までメールで連絡してください。閲覧制限ページへのアクセス方法などをお知らせします。
>※受講者は%%%''1月11日''%%%までに受講確認メールを必ず梶田まで送って下さい。~
※授業では実際にノートパソコンを操作する場合があります。~
受講者は授業に持参できるノートパソコンを準備しておいてください。WindowsXP環境を推奨します。~
　準備しておくべきソフトウェアの詳細などは、受講確認メールへの返信と、このページで連絡します。
~
~
※ Students must send an e-mail to T. Kajita (e-mail address shown above) to confirm your registration to the class until %%%'' 11 Jan.''%%%~
※ Students are expected to prepare a notebook computer (Windows XP is recommended) to be used in the class by themselves. ~
　 Notices on applications to be  prepared will be sent to your e-mail address or announced in this web page.



**梶田担当分 [#q7b30a0f]
~
//-上記日程について意見のある人は、メールで連絡するか下のコメント欄に記入してください。~
//If you have any comments on Kajita's part of the class,  fill in the form below or send e-mail to the address above.
//***[[制限ページ・Resricted Page>授業/H19/系統解析論/REST]] 
//***Information on Kajita's Part of the Class 
>
In my part of the class, you will do some phylogenetic analyses by yourself with my guidance. A note book computer is necessary to attend to my class.  Wireless LAN is recommended.
~In the 1st lesson, I will ask you some questions about basic knowledge on phylogenetic analyses, and suggest you several options of phylogenetic analyses that you can try in the class.  Performing some of exercise in the class, you will learn the basic procedures to obtain data from GenBank,  to align DNA data, and to perform various further analyses. ~
~In the first class, you will establish unix-like environment in your computer to perform some of phylogenetic analyses that were introduced in Miya-sensei's class.  After establishing the environment, you will perform some analyses on example data by using various softwares.~
You can ask me any questions by e-mail, or visiting my room.~
~
■梶田担当分について~
~
私の担当分では、系統解析を実際に行っていただきます。ノートパソコンが必要になりますので、持ってきてください。ワイヤレスLANが使える方が良いです。また、解説はWindows XP環境を用いて行います。
~今回の授業では、最初にUnixライク環境を各自のパソコンに構築するところから始めます。次に、Windows環境とUnix-like環境を用いて、様々な解析を実際に行います。
~
H19年度には、以下のような解析を行いました。
-[[Mesquiteを用いた祖先形質状態の復元>授業/H19/系統解析論/Mesquite]]
-Arlequin3のインストールと、プロジェクトファイルの作成。ハプロタイプと集団を用いた解析についての解説。
-[[Cygwinを用いたUnixライク環境の体験>授業/H19/系統解析論/cygwin]]
-[[複数領域のデータを連結し、領域ごとに異なるモデルを選択してベイズ解析>授業/H19/系統解析論/REST/mrbayes]]（書きかけ項目につき制限ページに移動）

質問などはメールで受け付けますし、部屋に訪ねていただいても構いません。~
~
なお、授業ではWindowsXP環境を用いて解説します。WindowsVistaでは動作確認をしていません。可能ならば,Windows XP環境のコンピュータを持参してください。~
~


**Quick Link to Softwares [#ff8398bc]
-各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
-Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
-TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
-NJPlot  http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html
-Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
-PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
-MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
--JRE5 Mesquiteに必要な、Java 環境　http://java.sun.com/javase/downloads/index_jdk5.jsp
-Arlequin http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3/
-GenAlex  http://www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/
-r8s  http://loco.biosci.arizona.edu/r8s/
-- Windowsでr8sを動かすためにCygwinを使ってコンパイル： Cygwin  http://cygwin.com/
-MrBayes http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php
-MrModeltest  http://www.abc.se/~nylander/
-Modeltest http://darwin.uvigo.es/
-PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
-DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
-Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
-K2Editor  http://k2top.jpn.org/index.php?K2Editor
-Tracer: http://tree.bio.ed.ac.uk/download.html?name=tracer&version=v1.4&id=54&num=2
-GARLI  http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/garli/Garli.html
-RAXML http://icwww.epfl.ch/~stamatak/index-Dateien/Page443.htm
--memo: cygwin環境下でmake, "raxmlHPC  -m GTRCAT -n rana -s rana.phy"でテストラン