*開　講　通　知　（平成24年度後期集中授業） [#x50e9010]

科目名：　系統解析論~
対　象：　地球生命圏科学専攻・博士後期課程~
科目名：　系統解析論~
開講日：2014年　1月20（月）， 22（水）、 30日（木）, 31日（金）~
場　所：　1月20日：自然科学1号館''3''階セミナー室~
　　　　　1月22・30・31日：自然科学1号館''4''階セミナー室~
担　当：　宮　正樹 ・ 梶田　忠~
時　間：　下記の通り~
　　　1月 20日（月）	10:00-(午前・午後) :''3''階セミナー室~
　　　　　　　「系統解析の実際と応用」（梶田）~
　　　1月 22日（水）	10:00-(午前・午後) :''4''階セミナー室~
　　　　　　　「系統解析の実際と応用」（梶田）~
　　　1月 30日（木）	10:00-(午前・午後)　 :''4''階セミナー室~
　　　　　　　　「系統解析再入門」（宮）~
　　　1月 31日（金）	10:00-(午前・午後) :''4''階セミナー室~
　　　　　　　　「ベイズ法と分岐年代推定」（宮）~
~
注意事項：~
※受講者は12月20日までに、必ず、受講確認メールを梶田まで送って下さい。~
※授業では実際にノートパソコンを操作します。　受講者は無線LANに接続可能なノートパソコンを授業に持参してください。~
　準備しておくべきソフトウェアの詳細などは、受講確認メールへの返信と、~
　下記ウェブページで連絡します。~
※連絡先　梶田（内線2818, tkaji@faculty.chiba-u.jp)~
宮  (miya@chiba-muse.or.jp)~
ウェブページ　http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　「授業/H25/系統解析論」~
~

**受講生への連絡：　ANNOUNCEMENT [#e936d5be]
■梶田担当分について~
~
私の担当分では、系統解析を実際に行っていただきます。ノートパソコンが必要になりますので、持ってきてください。ワイヤレスLANが使える方が良いです。解説はMacintoshを用いて行います。
~今回の授業では、最初にUnixライク環境を各自のパソコンに構築するところから始めます。次に、Windows環境とUnix-like環境を用いて、様々な解析を実際に行います。
~
H19年度には、以下のような解析を行いました。
-[[Mesquiteを用いた祖先形質状態の復元>授業/H19/系統解析論/Mesquite]]
-Arlequin3のインストールと、プロジェクトファイルの作成。ハプロタイプと集団を用いた解析についての解説。
-[[Cygwinを用いたUnixライク環境の体験>授業/H19/系統解析論/cygwin]]
-[[複数領域のデータを連結し、領域ごとに異なるモデルを選択してベイズ解析>授業/H19/系統解析論/REST/mrbayes]]（書きかけ項目につき制限ページに移動）

質問などはメールで受け付けますし、部屋に訪ねていただいても構いません。~


■ 宮担当授業を受講する学生は、Wifiによるネット接続可能なノートパソコンを持参すること（Mac/Win どちらでも構わないが，できれば UNIX の環境を実装してきてほしい）~
※ Students are required to bring a notebook computer with wifi enabled.   Preparation of Unix environment is recommended.
***宮先生課題： 1月30日の授業時までに準備 [#o4fefabd]
-''「自己紹介用の資料の準備」を準備しておくこと''~
自分が大学院で行っている研究の内容紹介で、スライド (3枚以内) か、配付資料 (A4版1枚・人数分をコピー) のどちらかを準備しておくこと。
-1人5分程度で発表してもらう。
-必ず含めるべき内容は以下の通り：
---1) 研究の背景
--2) 研究の方法
--3) 研究結果 (経過報告)
--4) 系統学との関連
-You are required to prepare presentation to introduce your present research.
-Prepare slide (three or less) or 1 page of A4 size handout (prepare copies for all)
-You will have presentation about 5 min.
-Your presentation should contain
--1) Background of your research
--2) Methods of your study
--3) Results (or progress of your research)
--4) Relationships of your research to phylogenetics




■ 下記ソフトウェアをダウンロードし，ソースコードの場合は実行できるようにしておくこと（できるように努力すること）~
※ Following softwares should be installed and be tested to run.

-1) RAxML~
http://sco.h-its.org/exelixis/countEPA_WIN.php~
-2) SeaView~
http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview.html~
-3) PAML~
http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

※自分のコンピュータに合った実行形式ファイルをダウンロードしてインストールしておくこと



**Quick Link to Softwares [#h3f4ced7]
-各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
-Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
-TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
-NJPlot  http://pbil.univ-lyon1.fr/software/njplot.html
-Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
-PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
-MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
--JRE5 Mesquiteに必要な、Java 環境　http://java.sun.com/javase/downloads/index_jdk5.jsp
-Arlequin http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3/
-GenAlex  http://www.anu.edu.au/BoZo/GenAlEx/
-r8s  http://loco.biosci.arizona.edu/r8s/
-- Windowsでr8sを動かすためにCygwinを使ってコンパイル： Cygwin  http://cygwin.com/
-MrBayes http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php
-MrModeltest  http://www.abc.se/~nylander/
-Modeltest http://darwin.uvigo.es/
-PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
-DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
-Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
-K2Editor  http://k2top.jpn.org/index.php?K2Editor
-Tracer: http://tree.bio.ed.ac.uk/download.html?name=tracer&version=v1.4&id=54&num=2
-GARLI  http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/garli/Garli.html
-RAXML http://sco.h-its.org/exelixis/software.html
--GUI environment is now available.