*系統学特論 [#t3c474ab]
-授業コード：  
-対　象：　地球生命圏科学専攻
-場　所：　理学部１号館2階121教室
-時　間：　火曜・4限
-実施日：　初回開講日：4月 15日
-担　当：　綿野　泰行 ・ 梶田　忠

**注意事項： [#e293b85f]
※　講義室で行う講義は全部で６回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。~
※　授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
-  http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　 「授業/H26/系統学特論」
-初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
-※連絡先：
--綿野（内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室
--梶田（内線2818, &ref(授業/tk.gif);), 理3・407号室
 
**系統学特論の授業の進め方 [#m4176dfd]
-1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
-2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自の習得程度に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
-3）この作業を5回ほど繰り返す。

**評価： [#x50d55a6]
-５回のレポートで評価する。５回全ての提出を必須とする。
~
***第1回目（4/15）：ガイダンス [#ub4e261c]
-使用するプログラムの入手法~
千葉大　系統でグーグルで検索すると下記ＷＥＢページが見つかります。~
PLANT_SYSTEMATICS_LAB (http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/~
講義資料をデポします。~
主要なソフトウェアの入手先のリンクも示してあります。~
***第2回目（%% 5/20%% → ''5/28'' ）：分子進化と遺伝的浮動 [#cc535107]
-''教室変更： 4号館マルチメディア教室2''
-中立突然変異が固定する機構~
-プログラム：エクセル~
-授業資料のダウンロード→bean.bio.chiba-u.jp/moodle24
***第3回目（ 6/3  ）：DNAデータベースと近隣接合法による系統樹作成 [#f42a0b6b]
-DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強~
-距離行列法~
-プログラム：メモ帳, ClustalX, BioEdit, TreeView, MEGA
***第4回目（ 6/17 ）：遺伝子系統樹と種の系統樹 [#h7d48752]
-種分化後の時間が小さいと、遺伝子系統樹と種の系統樹の不一致が起こることの理解を目指す。~
-プログラム：MCcoal~

***第5回目（7/1）：最節約法 [#y882c3a9]
-最節約法の原理と実際 by PHYLIP
-Visit the http://bean.bio.chiba-u.jp/moodle24/ ~
moodle ページへのアクセス方法は、授業で説明

***第6回目（7/22}→&color(red){''29''};）：最尤法 [#y3a45841]
***第6回目（7/22}→&color(red){''8/5''};）：最尤法 [#y3a45841]
>
&color(red){''注意：　海外出張からの帰国便キャンセルのため、22日に授業を行えなくなりました。%%%8月5日（火曜）に変更します%%%};。~
急な変更で申し訳無いです。この変更で授業参加に支障が出る場合は、個別に連絡下さい。よろしくお願いします。

-分子進化のモデルと最尤法の実際~
-プログラム：ModelTest, PAUP~
-時間次第でBayes法

**参考書 [#p7b47816]
-Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual [ペーパーバック] Barry G. Hall (著) ~
→[[Amazon>http://www.amazon.co.jp/gp/product/0878936068/ref=pd_lpo_k2_dp_sr_1?pf_rd_p=466449256&pf_rd_s=lpo-top-stripe&pf_rd_t=201&pf_rd_i=0878933123&pf_rd_m=AN1VRQENFRJN5&pf_rd_r=1345A1GRQHJNV535CJXG]]

**授業資料のダウンロード [#he45c938]
→　[[ここから授業資料のダウンロードページができます（受講生のみアクセス可・第2回授業の前後に公開)>http://bean.bio.chiba-u.jp/moodle24/]]
**リンク [#z0afb6eb]
>各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
>Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト　http://www.sinauer.com/hall/ 
>Phylemon2 http://phylemon.bioinfo.cipf.es.
>Mega http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/
>Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
//>TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
>DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
>Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
>Modeltest http://darwin.uvigo.es/
>PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
>PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
>MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html