*進化生物学I [#me8c62bb]
#contents

//#ls2


**授業情報 [#b321ec3c]
>
H26(2014)年度 	授業コード:S4229101 	科目コード:S42291~
前期・水２ 	単位数 :2　　専門科目（生物学科）　教室 	理学部大講義室~
授業科目名: 進化生物学I　（Evolutionaty Biology I）, 副題 	進化学・系統学の基礎 ~
担当教員 	梶田　忠, 連絡先 	研究室 	理学部3号館407号室 , 内線番号 	2818 ~
メールアドレス  	 &ref(授業/tk.gif); ~

***目的・目標 [#c63e5644]
>
進化（evolution）は生物学における最も基本的な現象の一つであり、進化学的な考え方を習得することにより、生物界の様々な現象が理解できるようになる。本講義では、生物進化の基礎的な考え方、進化的現象とその機構、生物進化の歴史とその推定法について、基本的な知識や知見を学ぶ。系統樹を用いた進化の歴史の理解と系統推定法には特に重点を置く。

-キーワード 	Tree Thinking, 進化、系統、系統推定、系統樹、分子進化、分子系統学
-講義内容
 Tree Thinkingの基礎。重要用語の理解、系統推定の基礎・最節約法、最節約法・形質の最節約配置
 系統樹の評価、距離行列法、分子進化のモデル、最尤法、ベイズ法、系統樹とその応用
 生物地理学、系統地理学、系統分類学、系統樹を用いた実際の研究紹介
--英語による授業の実施:~
千葉大学の国際化（[[グローバルキャンパス・千葉大学>http://www.chiba-u.jp/international/policy/pdf/kokusai.pdf]]、[[グローバル人材育成推進事業>http://www.chiba-u.ac.jp/education_research/coe_gp/global/pdf/jissiyoryo_jp.pdf]]、他　（[[ちば日報社説>http://www.chibanippo.co.jp/serial/125650]]　等））に関連する個別の授業レベルの取組の一つとして、外国人研究者による英語による、進化生物学に関連する内容のShort Lectureを、授業に導入する。共同研究のため来日中の研究者、ポスドク、外国人留学生に講師を依頼する。受講生は授業への参加と、reflectionを通して、研究内容を理解する。
***講義予定 [#d6d2dcb7]
+4月16日	　講義ガイダンス：　Tree Thinking の紹介
+4月23日	　Tree Thinkingの基礎。重要用語の理解。~
+4月30日	　系統推定の基礎、最節約法。　Short Lecture: Putra Malaysia大学講師・Nazre Saleh博士（JSPS海外招へい研究者, Malaysia）
+5月7日	　　最節約法。　Short Lecture: Alison Kim Shan Wee博士（シンガポール国立大卒・千葉大学理学研究科ポスドク, Malaysia）
+&color(green){5月14日　　＜海外出張のため休講＞};→''最節約法の自習課題''
+5月21日	最節約法. Hennig式論証法から網羅探索法まで
+5月28日	分岐限定探索法、発見探索法、形質状態の再配置
+6月4日	合意樹、ブーツストラップ法、距離行列法
+6月11日	　　距離行列法・UPGMA~
Short Lecture: José Gutierrez （千葉大M2・国費外国人留学生）　
+6月11日	　　距離行列法・UPGMA。Short Lecture: José Gutierrez （千葉大M2・国費外国人留学生）　
+6月18日	　距離行列法・NJ法
+6月25日	　最尤法
+7月2日	　最尤法と分子進化モデル~
Short Lecture: Samuel, Vando Márcio da Silva （千葉大D1・国費外国人留学生, Mozambique)　
+7月9日	　ベイズ法~
Short Lecture: Mohammad Vatanparast （千葉大学理学研究科ポスドク, Iran）　
+7月2日	　最尤法と分子進化モデル。Short Lecture: Samuel, Vando Márcio da Silva （千葉大D1・国費外国人留学生, Mozambique)　
+7月9日	　ベイズ法。Short Lecture: Mohammad Vatanparast （千葉大学理学研究科ポスドク, Iran）　
+&color(green){7月16日　　＜海外出張のため休講＞};→''自習課題・コンピュータを用いた分子系統解析演習''
+7月23日	　コンピュータを用いた系統解析および、系統地理

***評価方法・基準 [#aca1e881]
>成績は、出席、課題、リフレクションで評価する。~
出席、課題、リフレクションの確認はmoodleを用いて行う。出席確認は、授業時間内に配布する授業出席コードを用いて行う。~
進化生物学I　moodleサイト →http://bean.bio.chiba-u.jp/moodle24

***参考書・参考ウェブページ [#h76fa700]
-後ほどアップデートする
//-Tree Thinkingウェブサイト http://www.tree-thinking.org/publications.html#science310
//--このページのEVOLUTION: The Tree-Thinking Challengeというところに授業で用いた資料へのリンク（下記）が載っている：
//---資料へのリンク：http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/310/5750/979/DC1
//---元論文はScience誌に掲載された：http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/310/5750/979?ijkey=buAV20Wfap/76&keytype=ref&siteid=sci
//-Freeman, S. and Herron, J. C. 2004. Evolutionary Analysis. Pearson, Prentice Hall. ~
//-Ridley, M. 2004. Evolution. Blackwell Publishing.
//-http://tolweb.org/treehouses/?treehouse_id=4383
//-http://www.faculty.biol.ttu.edu/Strauss/Phylogenetics/LectureNotes.htm
//-http://www.botany.wisc.edu/courses/botany_940/04Phylogeog/index.html
//-PHYLOGEOGRAPHIC  BREAKS WITHOUT GEOGRAPHIC BARRIERS TO GENE FLOW~
//http://www.brianomeara.info/270/Irwin2002Evol.pdf
//-The Wilhelmine E. Key 2002 Invitational Lecture. Phylogeography, Haplotype Trees, and Invasive Plant Species
//B. A. Schaal, J. F. Gaskin, and A. L. Caicedo~
//http://jhered.oxfordjournals.org/cgi/content/full/94/3/197

//**[[授業/H18/進化生物学I/系統推定の基本用語]] 

//**[[授業関係掲示板>授業/H20/進化生物学I/evolBBS]] 

//**[[資料ダウンロード>授業/H18/進化生物学I/DL]] [#xd0337b5]