![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
授業を開始する前に、次の問いに答えてもらいます。
Table 1.
Infer the most parsimonious trees using the data shown in Table 1.
Answer the tree length of the tree inferred from the data of Table 1.
Explain the following terms
下の系統樹は (M(N(A(B C)))) と表記する。
1.ホームページからデータファイル（&ref(): File not found: "rbcL_plant.fst" at page "授業/H22/系統学特論/05";)をダウンロード。BioEditで開き、NEXUSファイルに変換。
Download（&ref(): File not found: "rbcL_plant.fst" at page "授業/H22/系統学特論/05";) and open it by BioEdit. Save the aligned data as a NEXSUS file.
2.PAUP* DEMOでNEXUSファイルを開き、Heuristic Search法で解析する。得られた最短系統樹をファイルに保存する。
Open the above NEXUS file with PAUP* DEMO, and analyze it by "Heuristic Search" method. Two shortest trees will be obtained. Save them in a tree file.
ファイル名は 学籍番号（半角英数文字のみ）.emf file name "Your_ID.emf"
梶田までメールの添付書類として送信。件名は「6月19日課題」にすること。
Send the file to Kajita by e-mail.
提出期限：6月28日
Deadline: 28 June.
6月19日授業の課題はここまでにしましたが、できるなら3以下をやって提出してもらっても良いです。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
3.次に、Bootstrap解析(Heuristic search, 1000回〔どうしてもできなければ100回でよい〕）を行う。得られた結果の表は保存しておく。〔ここまでの操作にはPAUP Blockを用いても良い〕
Do bootstrap analysis for 1,000 replicates. Keep the obtained bootstrap values of each clades for later use.
4.メモ帳等のテキストエディタで2で作った最短系統樹のファイルPedic.treを開き、2つ目の系統樹のクレードに、３の解析結果を見ながらBootstrap値を記入して保存する。
Open the tree file (TEXT file format) saved in the strep 2, and add bootstrap values for each clades.
5.上で保存したファイルをTreeViewで開き、 2つ目の系統樹をPhylogramモードで、Bootstrap値と共に表示させる(show internal edge label)。内群が単系統群になるようにルートをつける。
Open the above file with TreeView, and display the second tree in Phylogram view with boot strap values ("show internal edge label"). Define a root and make the ingroup taxa as an monophyletic group.
6.TreeViewで、File > Save as graphic を選び、enhanced metafileの形式で2つ目の系統樹のみを保存する。このファイルをmメールの添付書類として梶田宛に提出する。
Choose "Save as graphic" in the File menu, and save only the second tree as "enhanced metafile" format. Send the file by e-mail to Kajita as an attachment file.
ファイル名は 学籍番号（半角英数文字のみ）.emf
The file name should be "Your Student ID.emf"
最節約法を基本から勉強したいという人には、次の参考書（なんと無料！）をお勧めします。１コマの講義で節約法の全貌と、ソフトウェアを使った系統推定を理解するのは、初めての人には大変だと思います。以下の文献よ読んで、復習してください。
The Compleat Cladist （日本語訳が「系統分類学入門」というタイトルで、文一総合出版から出ている）http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/teaching/CompleatCladist.pdf
Basics of Cladistic Analysis （上よりもさらに簡単な内容）http://www.gwu.edu/~clade/faculty/lipscomb/Cladistics.pdf
Pedic_align.fstをBioEditで開く †
NEXUSファイルの中身。[ ] に挟まれた部分はコメント。
〔参考〕FASTA形式からNEXUS形式には簡単に変更できる
