**平成17年度前期　大学院自然科学研究科（博士前期課程）生命・地球科学専攻 [#ge65d660]
-系統学特論
-授業コード：　
-担当教員：　綿野泰行 watano @ faculty.chiba-u.jp・梶田　忠 &ref(授業/tk.gif);
-火曜3限　
**[[授業/H17/系統学特論/最節約法]] [#a33ca80c]
**[[授業/H17/系統学特論/最尤法]] [#i21c1828]
**お知らせ [#b0f0fca0]
-2005-07-14 H17/系統学特論/最尤法のページを更新しました
~授業で使うスライドや課題をアップしました。説明文を変更しました。
-2005-06-22 分子進化のモデルと最尤法：予備知識確認
~メールでお知らせした予備知識確認の課題を、H17/系統学特論/最尤法というページにアップしました。7月5日までに梶田宛にメールで提出して下さい。
-2005-06-22 Modeltestのバージョン 
~Modeltestがアップデートされてver.3.7になりました。[[ダウンロードページ>K10_tokuron_Download]]に最新バージョンを入れておきました。
-2005-06-22 講義日程の変更
~第6回の講義を&color(red){12日};に変更します。お間違えなきように（梶田 2005.6.22）。~
 第6回目（7/12　自然2号館　マルチメディア）：
 最尤法
 ・分子進化のモデルと最尤法の実際~
 ・プログラム：ModelTest, PAUP~
-2005-06-18 系統学特論/最節約法
~[[最節約法のページ>H17/系統学特論/最節約法]]を作りました。課題1の解答例、6月21日の授業で出す課題の予告などが載っています。

- ClustalXのバージョンについて
~先日までHPに置いてあったClustalXはバージョン1.81で、save asでfastaに変換できないようです。[[ダウンロードページ>K10_tokuron_Download]]に最新バージョンの1.83を入れておきましたので、課題をこなすのに使って下さい。

-課題2の訂正について
~掲示版で山北君が指摘してくれた通り、ダウンロードするファイルをD88068からD88086に訂正してください（2005年5月24日　綿野）

-2005-05-20 TreeViewについて 
~先日までアップしてあったTreeViewXは使い勝手が悪いことがわかったので、TreeViewに入れ替えました。ダウンロードページからtreev32.zipをダウンロードして使って下さい。

***授業スケジュールとルール [#w1825525]
>
~
1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。~
2）授業で説明をうけたら、次回の授業までにレポートの提出（メールの添付でよい）~
3）この作業を5回ほど繰り返す。~
~
第1回目（4/26）：ガイダンス~
　　・使用するプログラムの入手法~
~
第2回目（5/10　場所　理４号館　マルチメディア）：~
分子進化と遺伝的浮動~
　　・中立突然変異が固定する機構~
　　・プログラム：エクセル~
~
第3回目（5/24　自然2号館　マルチメディア）：~
DNAデータベース：検索とダウンロード~
　　・DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強~
　　・プログラム：メモ帳, ClustalX~
~
第4回目（6/7　自然2号館　マルチメディア）：~
塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成~
　　・距離行列法~
　　・プログラム：Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView~
~
第5回目（6/21　自然2号館　マルチメディア）：~
最節約法~
　　・最節約法の原理と実際~
　　・PAUP~
~
第6回目（&color(red){7/12};　自然2号館　マルチメディア）：~
最尤法~
　　・分子進化のモデルと最尤法の実際~
　　・プログラム：ModelTest, PAUP~

-説明・演習は全てMSWindows環境で行います
*** ガイダンスについて [#fd52a609]
-第１回講義（ガイダンス）を4月26日（火曜）３限に行います。受講希望者は綿野にメールで事前連絡し、出席してください。

**参考書 [#e8db1486]
-Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN:0878933123 ; 2nd ed.
--この本は、系統解析のお料理本。系統樹を作るために必要ないろんな道具（ソフトウェアなど）をどう使って、材料（塩基配列データ）を料理するかが、丁寧に書かれている。附属のCD-ROMには、系統解析ソフトPAUP*のお試し版を始め、この本で解説されているソフトウェアやデータが収録されている。また、ウェブサイト(　http://www.sinauer.com/hall/　)からサンプルデータ等がダウンロードできる。
- [[EBI(European Bioinformatics Institute)のサイト>http://www.ebi.ac.uk/Information/]]
--EMBL(European Molecular Biology Laboratory)の下部組織で、バイオインフォマティクス関連の研究やサービスを行っている。DownloadページからはFTPで様々なソフトウェアがダウンロードできる。
**[[授業関係資料のダウンロード＜閲覧制限＞>K10_tokuron_Download]] [#d655a572]
-[[系統学特論ダウンロード>K10_tokuron_Download]]
-授業で使うソフトウェアやデータは、上のリンク先からダウンロードできます。

**H17/系統学特論/掲示板 [#dcf64558]
-この講義への要望や意見などを書き込んでください。
**リンク [#z105cc2c]
>各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
>Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト　http://www.sinauer.com/hall/ 
>Mega http://www.megasoftware.net/mega.html
>Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
>TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
>DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
>Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
>Modeltest http://darwin.uvigo.es/
>PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
>PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
>MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
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