**H17/系統学特論/PAUP*使用法/最尤法 [#q89215fa]
　講義で使ったスライドと説明です。非コード領域のアラインメントをMdeltestにかけて、PAUP*で解析するまでの説明が書かれています。最尤法の考え方などのスライドは、PDFにしてダウンロードページに置いてあります。

**課題2：Modeltestと系統解析 [#s0b8f2c7]
>1.ホームページからデータファイル（&ref(DIPTERO.NEX);)をダウンロード

>2.PAUP* DEMOでdiptero.nexを開きexecute。
つづけて、 modelblockPAUPb10を読み込んでexecute。
modeltestpaupb10と同じフォルダにmodel.scoresというファイルができる 。

>3.コマンドプロンプトを起動し、modeltest3.7フォルダに移動。

>4. コマンドプロンプトで、~
 bin\modeltest3.7.win < paupblock\model.scores > mydata.modeltest
>と入力。~
PAUP*でdiptero.nexを開き、ウェブページの系統学特論：PAUPブロックに書かれているML for Coding region Modeltest用（但し簡便法）のPAUP blockをコピー・ペースト。~
 begin paup;
 set autoclose=yes warnreset=no increase=auto;
 charset first = 1-.\3; 
 charset second = 2-.\3;
 charset third = 3-.\3;
 charpartition by_codon = 1:first,2:second,3:third;
 set criterion=parsimony; 
 hsearch;
 set criterion=likelihood;
 [ここにModeltestの結果のLsetから始まる行をはりつけるが、その行に
 rates=sitespec siterates=partition:by_codonを追加する。Modeltestの
 結果にratesとsiteratesがあれば削除。]
 hsearch start=1;
 savetrees brlens=yes maxDecimals=4 file=ML_out.tre replace=yes;
 end;

>同じくPAUP*でmydata.modeltestを開き、AICのpaup blockに書かれているLsetを上のPAUP blockに貼り付ける。
たとえば、Modeltestの結果得られたLsetが、
 Lset  Base=(0.3021 0.1755 0.1489)  Nst=6  Rmat=(0.9583 1.7489 0.0929 0.5681 1.7489)  Rates=equal  Pinvar=0.4237;
>だとしたら、上のpaup blockのコメント行で指定されている場所に貼り付ける。但し、今回の解析ではコドンのサイトの位置ごとの変化率を計算するので、rates=sitespec と siterates=partition:by_codonという２つの設定を、Lsetに含めたい。本来ならば、Modeltestのときからコドンポジションでパーティションを作って解析を行いたいが、今回説明する手順でそれをやるのは難しい。そこで、パーティションを作らずにモデル選択した後、Modeltestで得られたlsetのsiteratesとratesをパーティション用の設定に置き換えて解析するという、簡便法をとる。
>置き換え後：
 begin paup;
 set autoclose=yes warnreset=no increase=auto;
 charset first = 1-.\3;
 charset second = 2-.\3;
 charset third = 3-.\3;
 charpartition by_codon = 1:first,2:second,3:third;
 set criterion=parsimony; 
 hsearch;
 set criterion=likelihood;
 lset Base=(0.3021 0.1755 0.1489)  Nst=6  Rmat=(0.9583 1.7489 0.0929 0.5681 1.7489)  Pinvar=0.4237 rates=sitespec siterates=partition:by_codon;
 hsearch start=1;
 savetrees brlens=yes maxDecimals=4 file=ML_out.tre replace=yes;
 end;

>5.ファイルを別名でセーブしてからexecute。~
最尤系統樹の推定は、コンピュータの能力に依存して、かなり時間がかかる場合がある。

>6. 解析が終わったらPAUP*上でdescribe。~
Edit > Edit Display Bufferで"Tree description"以下系統樹までをコピーし、メールの本文にペーストして提出。

>7. メール件名は最尤法課題2（学籍番号）にすること。


**課題１：最尤法とモデル：予備知識確認 [#ib76aa78]
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