目次
#contents
*BioEditでNEXUSファイルを作る [#z9ecd419]
**1. 課題のファイル&ref(Pedic_align.fst);をBioEditで開く [#u327e2f8]
**2. BioEdit: File > Export > Sequence Alignment [#a51eea05]
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-ファイルの種類で一番下のPAUP/NEXUSを選択し、ファイル名をPedic.nexにして保存
*PAUP*を使う [#w7f6b308]
**1. File > Open ：　Pedic.nex　を　Edit モードで開く [#a2775cea]
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NEXUSファイルの中身。[ ] に挟まれた部分はコメント。
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〔参考〕FASTA形式からNEXUS形式には簡単に変更できる
-File > OpenでFasta形式のアラインメントをEditモードで読み込む
-ファイルの先頭に#NEXUSと書き込む
-配列の前にdata ブロック始まりをコピーする。必要があれば数値を変更。interleaveはつけない。
-配列の最後にセミコロンとendとセミコロンをコピー
-余裕があったら > を消しておく（消さなくても解析はできる）
-名前をつけて保存
**2. データをメモリに読み込む File > Execute [#c5d4af3a]
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**3. Branch and Boundで解析：BandB [#d8c81f82]
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**4. 画面に系統樹を表示: showtree 1 [#o50b9fae]
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**5. ファイルに系統樹を保存： savetrees file=Pedic.tre brlen=yes from=1 to=2 [#v2e37e13]
**6. TreeView>で系統樹を表示： File > Open [#efe6a7de]
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**7. PAUP*でBootstrap解析： bootstrap nrep=1000 search=heuristic brlens=yes [#k3cec018]
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**8. 系統樹を保存： savetrees file=Pedic_boot.tre savebootp=nodelabels from=1 to=1 [#a5a5a807]
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**9. ディスプレーバッファーを編集: Edit > Edit Display Buffer [#ob349615]
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**10. TreeViewでBootstrap値つき系統樹を開く [#j85503c1]
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**11. 最節約系統樹にBootstrap値をのせる：メモ帳で編集 [#q8f2a86d]
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**12. TreeViewでBootstrap値つき最節約系統樹を開く [#w5ad3aff]
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**13. PAUP Blockをファイルに埋め込んで、解析を自動化する [#z30a985e]
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