授業/H17/生物学セミナー

西千葉キャンパスの植物 †

• キャンパス内を散策し、春の様々な植物を観察する。

分子系統樹の作成（DNAデータベースの登録データを用いて） †

データのダウンロードと編集用アプリケーションの準備： †

• NCBI EntrezのウェブページからデータをFASTA形式でダウンロードして保存する
• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide
• 例: アオキ Aucuba のデータ
  1. ENTREZを用いて AucubaのatpB-rbcL、psbA-trnHのそれぞれを検索
  2. AucubaのatpB-rbcL遺伝子間領域のデータをFASTA形式で保存
  3. 同じく、psbA-trnHのデータをFASTA形式で保存

アラインメント編集アプリケーションの準備 †

• (Mac用）Se-Alのダウンロード（http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html?id=seal）。WindowsではBioEditを使う（H17/系統学特論のページからダウンロードできる）。

アラインメントデータの連結と系統解析 †

• Se-Al又はBioEditを用いて作業を行う。（WindowsではBioEdit）
  1. atpB-rbcL:アラインメントファイルを編集して、DEFINITION が"chloroplast DNA, atpB - rbcL intergenic spacer"ものだけを残す。Aucuba japonicaの場合、最後の２文字の記号H1, H2, C1, B4などが分かるようにしておく。
  2. psbA-trnHについても上と同様の操作をする。
  3. ２つのデータで、種名と記号が等しいものを連結して、１つのFASTA形式ファイルにまとめる

ClustalWによるアラインメント †

• できあがったFASTA形式のファイルをClustalw（or clustalX）でアラインメントする。NJTreeを作成しても良い。
• アラインメントをPIR形式で出力。

PAUP*による系統解析 †

• 上で作ったPIR形式のファイルをPAUP*4.0bに読み込んで、最節約法で解析。