授業/H18/系統解析論

開　講　通　知　（平成18年度後期集中授業） †

科目名：　系統解析論
対　象：　大学院自然科学研究科・博士後期課程・地球生命圏科学専攻
単位数：　2単位
場　所：　自然科学研究科４階セミナー室（予定）
開講日：　2006年12月1日, 8日, 15日 （梶田担当分）; 2007年1月22日（宮担当分）
担　当：　宮　正樹 ・ 梶田　忠（）
時　間：　

宮担当分 †

• 2007年1月22日（月）　10:30- (午前・午後）　　自然科学研究科３階セミナー室
  • 「系統解析論・ベイズ系統入門」
• 2007年1月23日（火）　10:30- (午前・午後）　　自然科学研究科４階セミナー室
  • 「分岐年代推定」
• お知らせ
  • 宮担当分の講義は、学外者でも聴講できます。系統推定の基礎、ミトコンドリアゲノムを用いた魚類の大規模系統解析プロジェクト、ベイズ法を用いた系統推定、分岐年代の推定法に興味のある方は、どうぞご参加下さい。もし、希望者が非常に多い場合は、別の部屋を準備するので、受講者以外で聴講を希望される方は、下の調査で希望日を１度だけクリックしてください。。

受講者以外の聴講希望者数調査 †

1月22日（月）の聴講を希望する

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1月23日（火）の聴講を希望す

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宮担当授業参加者へのお知らせ【重要】 †

■ ノートパソコンを持参すること（Mac/Win どちらでも構わないが，できれば UNIX の 環境を実装してきてほしい）

■ 下記ソフトウェアをダウンロードし，ソースコードの場合は実行できるようにしてお くこと（できるように努力すること）

1) MrBayes

http://mrbayes.csit.fsu.edu/

2) multidistribute

http://statgen.ncsu.edu/thorne/multidivtime.html

3) PAML

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

4) TreeView ver. 0.4.1

http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7erpage/treeviewx/

梶田担当分 †

• 日時・場所
  • 2006年12月1日 (金) 13:00 - 　　自然科学研究科３階セミナー室
  • 2006年12月8日（金）13:00 - 　　自然科学研究科４階セミナー室
    • 教室変更 => 理学部３号館4階・407号室に変更
  • 2006年12月15日（金）13:00 - 　　自然科学研究科４階セミナー室
    • 教室変更 => 理学部３号館4階・407号室に変更

• ※梶田担当分は実際にノートパソコンを操作しての演習を行います。
• 受講者は必ずノートパソコンを持参して下さい。インストールしておくべきソフトウェア等、詳細については、このページで追って連絡します。

梶田担当分の授業の進め方 †

• 基本方針：各自が自分の興味のある分野で、系統解析に関する問題設定を行う（→参考：授業/H17/系統解析論）。文献を調べたり、データを収集したり、自分で解析ソフトウェアを操作するなどして、その問題を解決する。問題解決の過程で、教員や他の受講生と意見を交換し、解析方法についての理解を深める。授業の最後では、課題における問題設定と解析手法等について、発表する。
• 評価基準：設定した課題の内容、解決方法、結果など。用いた手法の問題点を把握できているか。結果、手順、考察等を分かりやすく人に説明できるか。

12月1日 (金) †

• ガイダンス。受講者全員と、系統解析に関する基本事項について質疑応答。基本事項の講義。各自の理解度に応じた課題の決定。
• 課題例：
  • Molphyを用いた系統解析：　コーディング領域・非コード領域のサンプルデータをパーティションに分割し、最尤法で解析。
  • Mesquiteを用いた形質進化の方向性解析：　分子系統樹の上に形質データを配置して、祖先ー派生形質を決定し、収斂進化などの現象を探る。
  • その他、塩基配列データを用いた集団遺伝学的解析(Arlequin, DNAsp, Mesquite, GenPop等）、共進化（TreeMap等）、系統地理学的解析（NCA: GeoDis, TCS）、分岐年代推定、組み替え、アラインメントの方法など
  • 上の例にこだわる必要はない。ガイダンスで個別に相談しつつ、２週間で解決できそうな問題設定を考える。

　なお、この日の授業では、系統解析の基本的な考え方について講義を行った後に、実際にソフトウェアを操作して、サンプルデータの解析を行います。各自必ず、ノートパソコン（WindowsPC）を持参して下さい。Macintoshパソコンでも使用できるソフトウェアを用いますが、講義での説明にはWindows PCを使います。

12月8日 (金) †

各自設定した課題を１週間かけて調べる。その間、必要に応じてメール等により、教員から解析方法についての指導を受ける。8日の講義では、それまでに各人から寄せられた疑問点や問題点のうち、重要なポイントについて講義を行う。必要に応じて課題をさらに発展させる。また、問題点について全員で考える。

• （講義内容の例）：
  • 祖先形質の推定について説明。Mesquiteの簡単なデモ
  • 系統樹についての基本事項の補足説明
  • BLASTサーチ、ENTREZによるデータダウンロードと、塩基配列データからの系統樹作成方法

12月15日 (金) †

授業当日までに、各自で課題の解決に向けて努力する。必要に応じてメール等により、教員から解析方法についての指導を受ける。授業当日は、各自が設定した課題について、口頭で発表する（持ち時間、1人約20分）。また、発表内容について全員で議論する。