授業/H18/進化生物学I

進化生物学I †

授業情報 †

2006年度 授業コード:S4229101 科目コード:S42291
前期・水２ 単位数 :2　　専門科目（生物学科）　教室 理学部大講義室~
授業科目名: 進化生物学I　（Evolutionaty Biology I）, 副題 進化学・系統学の基礎
担当教員 梶田　忠, 連絡先 研究室 理学部3号館407号室 ~, 内線番号 2818
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目的・目標 †

進化（evolution）は生物学における最も基本的な現象の一つであり、進化学的な考え方を習得することにより、生物界の様々な現象が理解できるようになる。本講義では、生物進化の基礎的な考え方、進化的現象とその機構、生物進化の歴史とその推定法について、基本的な知識や知見を学ぶ。系統樹を用いた進化の歴史の理解と系統推定法には特に重点を置く。

授業計画・授業内容 †

1. 「進化とは何か」& Tree Thinking
2. 生物進化の歴史とその推定方法
3. 系統推定の様々な方法
4. 生物地理学と進化
5. 進化学の基礎

• キーワード Tree Thinking, 進化、系統、系統推定、系統樹、分子進化、分子系統学

講義予定（進行状況に応じて変更するので注意！） †

1. 4月12日 　Tree Thinking
2. 4月19日 　系統関係の推定とは。基本用語の整理。
3. 4月26日 　系統推定の基礎
4. 5月10日 　系統推定の基礎・最節約法
5. 5月17日 　最節約法: Hennig式論証法、Wagner法
6. 5月24日 　網羅探索法、分岐限定探索法、発見探索法
7. 5月31日 　形質の最適配置、Tree Length, CI, RIの計算距離行列法
8. 6月7日 　Bootstrap検定, 合意樹，距離行列法 (UPGMA）
9. 6月14日 　距離行列法 (NJ)
10. 6月21日 　距離行列法 (NJ),
11. 6月28日 　最尤法　（ここで予定していた「系統樹とその応用」は毎時間のレポート解説にした）
12. 7月5日 　生物地理学と進化
13. 7月12日 　試験
14. 7月19日　　答案返却・まとめ

評価方法・基準 †

成績はレポート及び試験で評価する。

受講票について †

受講票提出してください

• 受講票が要らないのは普遍授業だけでした。4月中に提出お願いします。(2006.4.12 梶田)
• 掲示板に受講者の学生証番号をアップしておきましたので、確認しておいてください。(2006.4.26 梶田）

参考書・参考ウェブページ †

• Tree Thinkingウェブサイト http://www.tree-thinking.org/publications.html#science310
  • このページのEVOLUTION: The Tree-Thinking Challengeというところに授業で用いた資料へのリンク（下記）が載っている：
    • 資料へのリンク：http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/310/5750/979/DC1
    • 元論文はScience誌に掲載された：http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/310/5750/979?ijkey=buAV20Wfap/76&keytype=ref&siteid=sci
• Freeman, S. and Herron, J. C. 2004. Evolutionary Analysis. Pearson, Prentice Hall.
  
• Ridley, M. 2004. Evolution. Blackwell Publishing.

授業/H18/進化生物学I/系統推定の基本用語 †

授業/H18/進化生物学I/掲示板 †

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