Table 1. Fig.23, Table 2. †
(2006-07-19 17:12:00 (水))
- Table 1.
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
| OG | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| A | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| B | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| C | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 |
| D | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| E | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| F | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 1 |
(Swofford et al. 1996. p.479 in Molecular Systematics. Hills et al. ed. 1996 Fig.23参照）
- Table 2.
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
| A | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 |
| B | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| C | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 |
| D | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 |
| E | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 0 | 0 |
- Kajita? -- (該当者へのコメント): 訂正： 問題3, 5で「2-1」と書かれているところは、「問1」に変更してください。
試験の結果について †
Kajita? (2006-07-19 12:48:10 (水))
試験の採点結果を、レポート返却ページにアップロードしました。
レポート11のところに試験の点数が50点満点に換算されて表示されます(小数点以下繰り上げ）。
各自、自分の成績を、必ず確認しておいてください
重要： 試験・レポートの採点結果や成績に関する質問は、7月26日（水）まで受付ます。
もし可能でしたら †
04S? (2006-07-16 02:44:41 (日))
最後の講義時に、今までの講義で習った〜法などの方法論や、概念についての関係をまとめて頂けないでしょうか？
特に系統推定法と、それ以外の項目がごっちゃになってしまっているので、
それらについてもう一度簡単に直感的な説明をしてまとめて頂けると嬉しいです。
- Kajita? -- 了解です。試験の採点が終わったら、なるべく分かりやすい資料作りに挑戦してみます。
- Kajita? -- 試験の採点に時間がかかってしまい、資料が作れませんでした。すみませんが、あとで個別に質問に来てください。
レポートの採点結果について †
Kajita? (2006-07-12 19:30:56 (水))
全てのレポートの採点結果をアップロードしました。レポートを提出したのに採点されていない場合は、至急連絡してください。
- Kajita? -- なお、評価は試験50点満点に換算し、レポート50点満点であわせて100点満点にして評価します。単位取得は60点以上です。しかし、中には、レポートを数回しか出していなくて、試験でいくら良い点を取っても60点に達し無さそうな人がいます。そういう人でも単位が必要なら、梶田までメールで連絡してください。未提出分のレポートを全て提出してもらい（付帯条件があるので、必ず個別に連絡すること）、試験の点数が60点(100点満点で）以上ならば可にします（試験の点数が60点未満ではだめ）。来週の授業時間までには試験の点数とレポートの点数を返却しますので、その後連絡して貰ってもかまいません。
- kajita? -- なお、連絡メールの件名は、必ず レポート で始めること（レポート提出要領参照）。そうしないと、スパムメールとしてごみ箱に捨てられてしまう可能性があります。
レポート９，10の採点について †
Kajita? (2006-07-05 12:21:54 (水))
レポート9, 10はまだ採点が済んでいません。今週金曜日(7月7日）に採点結果をウェブサイトにアップロードする予定です。もう暫くお待ち下さい。
- Kajita? -- すみません。。。7月7日22:48現在、まだレポート9,10の採点、終わっていません。もう暫くお待ち下さい。
- Kajita? -- レポート9の採点結果は、もうすぐ（あと２時間以内に）アップロードできます。レポート10の採点結果もなんとか今日中にアップロードします。
- Kajita? -- レポート９の採点結果、アップロードしました。期日までに提出していない人の分は、レポート10と一緒にアップロードします。レポート９を期日までに提出したのに、採点されていない場合は、梶田まで至急、メールで知らせて下さい。
- kajita? -- レポート10の採点結果、アップロードしました。
試験について †
Kajita? (2006-06-28 13:10:38 (水))
試験は持ち込み不可で行います。授業とレポートで培った、系統学や進化生物学に対する知識・考え方・表現能力が、どれだけ身に付いているかを確認するためです。数値計算が必要な場合は、公式を問題文で示します。電卓と定規は持ち込み可です。パソコン・電子辞書・辞書は持ち込み不可です。
- kajita? -- 試験出題範囲の詳細です。授業の後に出た要望を含めておきました。今週金曜（7月7日）までは、以下の内容は変更される可能性があります。要望があればそれまでにどうぞ。
- 出題予定：全４題
- 最節約法に関連するもの １題
- 距離行列法に関連するもの １題
- 最尤法に関連するもの １題
- 総合問題 １題
- 備考：
- NJ法等で数値計算問題を出題する場合は、公式を問題文に含める。
- 関数電卓が必要になるような計算問題は出さない。
- 試験出題範囲で重視する点：
- 系統推定法についての考え方, Tree Thinking
- 系統樹を用いて、進化的な現象について、正しい用語でコミュニケーションできるかどうか
- 出題範囲外：
- 最尤法のところでやった分子進化モデル
- 最尤法でやった、0,1マトリクスによる計算演習問題
- ワグナー法の計算問題
- UPGMA法の計算問題
- RI, CIの計算問題
レポート8の採点について †
Kajita? (2006-06-23 11:06:53 (金))
レポート8の採点結果は、今日中には返却ページに載せておきます。
- Kajita? -- 評点とコメントを先ほどアップロードしておきました。確認しておいてください。
レポート7の採点について †
Kajita? (2006-06-15 18:58:58 (木))
レポート７の採点、まだ終わっていません。すみません。もう少しお待ち下さい。
レポート6について †
梶田? (2006-05-31 12:07:16 (水))
今回のレポート解説の訳語には、選択肢は含まれていませんが、今までと同様、4つの選択肢から１つを選び、それを選んだ理由を答えてくれればいいです。
第４回レポートでの質問 †
梶田? (2006-05-24 06:33:09 (水))
レポートでもらった質問に答えておきます。わかりにくい場合は、直接聞きに来てください。
＜質問＞ ヘンニッヒ論証法とワグナー法はどのように使い分けるのですか。授業最後の演習問題ではヘンニッヒ論証法を使うと多分岐がでてしまいますがワグナー法ではでません。ワグナー法は表形分類とは違うものですか。
ヘンニッヒ式論証法は、手作業で系統樹を作るときによく使われますし、ここの形質の進化を、系統樹をみて自分の頭で考えるときに使います。一方、ワグナー法は、アルゴリズムがコンピュータによる計算にあわせやすくできているので、系統推定ソフトウェアでよく使われます。ワグナー法は今度の授業で説明しますが、表形分類とは違い、節約法の１つです。それと、ワグナー法で描いた系統樹は見かけは２分岐になっていても、祖先の形質状態をよくみると、実は多分岐というのがよくありますよ。
＜質問＞ 今回の授業の質問なのですが、ワグナーアルゴリズムの使用例step３で示されていたインターバルと分類群との距離（Ｄ）の計算の仕方がよく分かりませんでした。インターバルは距離のことを示していますが、それと分類群は次元が違うもの同士である気がして、「インターバルと分類群との距離」という概念がよく理解できなかったように思います。 以上です。よろしくお願いいたします。
ワグナー法の「インターバル」という言葉ですが、やっぱり紛らわしいですよね。あの説明は教科書から取ったものですが、次の授業で、これまで使ってきた「枝」や「節」という言葉を使って説明し直します。なお、前回の授業で「インターバルと分類群との距離」といっているのは、分類群と枝の距離（つまり、新たに付け加えた節との距離）です。INT(A, OG)というのは、距離（違いの数）そのものを示しています。
＜質問＞ ワグナー法の演習問題についてですが、５本目の枝(分類群D)の付け方が何通りもでてきてしまいました。AとBの共通祖先が(1000100001)であるという推定まではできたのですが、その後の分類群Dをつける時にD[D,INT(C)]=D[D,INT(Y)]=D[D,INT(OG)]=４となりました。プリントには、同じ値のDが複数ある場合は任意に選ぶと書いてありましたが、最後まで系統樹を完成させないと選べないのでしょうか？とりあえず、３通り全てについて分類群Eの付け方を考えた方が良いのでしょうか？
授業で説明しますが、同じ値のDが複数でた場合、どれか一つの枝を選らんでつけてみて下さい。その後は
＜質問＞ ワグナーアルゴリズム：使用例step.3が理解できなかったからもう一度説明していただけるとうれしいです
ワグナー法のStep3は、図を使って説明する方がわかりやすいので、これも授業で説明しますね。
レポートWebPage †
Kajita? (2006-05-19 18:18:29 (金))
これまでにレポートを提出した人には、メールでレポートウェブページへのリンクと、パスワードを送りました。レポート1-3までについて、提出済みのレポートについて評点と簡単なコメントを返してあります。
レポートを提出したはずなのに画面に表示されない、ページにアクセスできないなどの問題があったら、梶田までメールで連絡してください。
なお、レポートは５点満点で評価しています。
- Kajita? -- これまでのレポート課題のタイトルで、学籍番号に英文字小文字を使っていた人のレポートは、正常に表示されませんでした。つい先ほど、修正しておきました。
- Kajita? -- 集計して分かったのですが、受講者のうち、これまで１度もレポートを出していない人が6名います。シラバスでお知らせしてあるように、評価はレポートと試験で行います。配点はそれぞれ50点で、合計60点未満の人は不可になります。全講義終了時にレポート提出が2回未満の人は不可確定ですよ。
履修登録者(26 Apr. 2006) †
梶田? (2006-04-26 08:31:46 (水))
現時点でウェブから履修登録が済んでいる人の学生証番号を挙げておきます。確認できた人は、受講カードを出さなくてもいいです。
| 03S4009 | 04S4001 | 04S4010 | 04S4020 | 04S4031 | 05S4001 | 05S4020 | 05S4030 |
| 03S4026 | 04S4002 | 04S4011 | 04S4021 | 04S4032 | 05S4004 | 05S4021 | 05S4031 |
| 04S4003 | 04S4012 | 04S4022 | 04S4033 | 05S4005 | 05S4022 | 05S4032 |
| 04S4004 | 04S4013 | 04S4023 | 04S4034 | 05S4008 | 05S4023 | 05S4033 |
| 04S4005 | 04S4015 | 04S4024 | 04S4035 | 05S4009 | 05S4024 | 05S4034 |
| 04S4006 | 04S4016 | 04S4025 | 04S4036 | 05S4010 | 05S4025 | 05S4035 |
| 04S4007 | 04S4017 | 04S4026 | 04S4037 | 05S4011 | 05S4026 | 05S4036 |
| 04S4008 | 04S4018 | 04S4027 | | 05S4012 | 05S4027 | |
| 04S4009 | 04S4019 | 04S4028 | | 05S4013 | 05S4028 | |
| | | 04S4029 | | 05S4014 | | 05T0520 |
| | | | | 05S4017 | | 05T0525 |
| | | | | 05S4018 | | |
レポート１：質問への答え †
梶田? (2006-04-19 15:47:20 (水))
- 質問? -問2)で寄せて貰った質問で、すぐに答えられる分だけ、ここに掲示します。
- 質問? -- 姉妹群の「クレードが２つの分類群からなっているとき、それぞれを他方に対する姉妹群であるという」とは（A,Aに対する姉妹群）ということですか。姉妹群は（第二外群,(姉妹群,(A,B))）のように「内群に最も近縁な外群」という説明を受けたのですが、これらは同じ意味ですか。または、姉妹群には２通りの使い方があるということですか。
- 質問? -- 授業で紹介があったのと同一の著者・訳者の『系統分類学 分岐分類の理論と実際 』という本がありましたのでそちらを借りてきましたが、500ページほどありなかなか難しそうです…。もしこの本をご存知でしたらご意見を聞かせていただけませんでしょうか？？
- 梶田? -- 『系統分類学 分岐分類の理論と実際』は入門よりはだいぶ難しいですが、とても良い本で、参考になると思います。授業で出てきた用語についても詳しく解説してあるし、来週から勉強する最（大）節約法の理論については、「・・入門」よりも正確な表現で、詳しく書かれています。とばし読みでいいから、読んでおいて良い本だと思いますよ。ただ、いずれの本も、授業で使う日本語の用語と、ちょっとずつ食い違うところがあるので、注意しておいてください。
- 質問? -- 分類群とＯＴＵsの違いをもう少し詳しくお願いします
- 現実に名前がついている・ついていないに関わらず、ある生物のまとまり（あるいは生物のもつ遺伝子）で、比較研究する対象になっているものに対してOTUという言葉を使っています。講義で出てくる話では、OTUと分類群を厳密に使い分ける必要はほとんど有りません。
- 質問? -- 枝長の説明の、「変化の数」や「進化距離」とは何ですか。
- 枝が結ぶ節と節は、それぞれ、進化的な祖先、子孫関係にあります。「変化の数」は、その祖先と子孫の間で生じた進化的な形質の変化の数で、ある基準で祖先・子孫間の違いの程度を表したものが「進化距離」です。
- 質問? -- 無根系統樹の見方や、内部節や枝数の数え方がわかりませんでした。
- これは実例を見ながら説明すると分かりやすいと思うので、あとで質問してください。そのうち、用語集のところに図を載せておきます。
- 質問? -- 無根系統樹へのルートのつけ方と無根系統樹にルートがついた時の系統樹の書き方がよくわからなかった。
- 授業では外群を用いてルートをつける方法を説明します。外群は研究対象にしている内群よりも外側から持ってくるので、外群と内群の間に共通祖先が存在するはずであるという論理を使っています。
- 質問? -- トポロジーがよく分からなかった。前回のTree thinkingの問題を使って具体的に説明してほしい。
- トポロジーについてはいろいろと例題などもあるので、そのうち紹介します。
- 質問? -- 問１の系統樹に書き込まれている矢印やアルファベットはなんでしょうか？
- あの系統樹はもともとScienceというジャーナルに発表された論文からひっぱってきたものです。もとの論文で議論をするときに着けられた記号や矢印がそのままのこっています。
- 質問? -- 無根系統樹の演習問題のとき、理解するのに時間がかかりました。
節と分類群の概念が掴みにくかったです。
- そうですね。節や分類群、しかも、祖先ー子孫の関係が入ってくるので、ちょっと分かりにくいかも知れません。
- 質問? -- ニューイックフォーマットの所で少し頭がこんがらがった。演習等してもらえるとうれしい。
- ニューイックフォーマットの書き方がよく分かりませんでした。
- ニューイックフォーマットはいずれ、メールによるレポート提出のときに用いますので、あとで演習をやりましょう。
- 質問? -- クレードの定義が、まだよく分かりませんでした。
- たぶん、今日の講義で理解してもらえたと思います（わからない点があったら、また、質問を送って下さい）。
- 質問? -- トポロジーに関して。文章では伝わりにくいと思いますが、授業例に挙げた
（（Ａ，Ｂ），（Ｃ，Ｄ））の系統樹のような同一トポロジーの系統樹において、Ｂ
とＤより、ＢとＣの方が表現型や遺伝子などが近い場合、ＢとＣの方を近づけて書
く、ということはあるのでしょうか？
- そうですね。もし、BとDが外部形態で同じ分類群に入っていれば、近づけて描くかもしれません。でも、系統関係が近いからではなく、説明をするときに、便宜的に近づけるだけです。
- 質問? -- In my recognition, topology is the figure of tree. But in this class I learned that topology was pattern of divergence. I know my recognition was not good.
- Topology does not desgnate just figures of trees, as you have understood. It represents the relationships of nodes, so that, you can exchange position (right or left) of two terminal nodes in the same clade.
Tree Thinking Assessment Iの結果 †
梶田? (2006-04-12 13:38:11 (水))
| 問題 | 問1 | 問2 | 問3 | 問4 | 問5 | 問6 | 問7 | 問8 | 問9 | 問10 |
| 正答率 | 36.5 | 38.5 | 40.4 | 98.1 | 88.5 | 90.4 | 96.2 | 94.2 | 98.1 | 96.2 |
全問正解者（14名）：岩瀬,上井,北村,木村,塩田,島田,城後,日高,福岡,細山田,山本(貴),横井,渡辺
問1-3は、最も近い共通祖先を考えるところが難しかったのかもしれません。問5は英語のNewt（イモリ）が分かりにくかったのでしょう。それ以外は非常にできが良かったです。系統樹のトポロジーとか、形質配置の表現の仕方については、みんなよく分かっているみたいですね。
掲示板の開設 †
梶田? (2006-04-12 04:37:23 (水))
2006年度前期、進化生物学Iの掲示板を開設しました。授業への要望や意見など、ここに書き込んでください。
今日の小テストに書かれた要望のみ掲示します。
- 最後のテストを去年のものより難しいものにしてほしいです。
- いいですよ。一昨年の進化生物学Iより少し簡単なぐらいにしましょうか。
- 英語をできれば使わない欲しいのですが、できる限り優しくして貰えると助かります。
- 英語が多かったのでびっくりしました。日本語で解説をしてもらえるとありがたいです。
- 授業の資料はなるべく日本語にするつもりですが、申し訳無いことに、Tree Thinking Assessment IIは全部英語です。解説は日本語でしますので、お許しを。
- 去年は生命科学（系統学入門）で不可をとったから、授業では分かるように説明して欲しいです。
- 努力します。できれば入門で習ったことを復習しておいてくださいね。
- 理解できない部分は後日あらためて質問にうかがわせていただくかもしれません。よろしくお願いします。系統学はパズルのようでおもしろそうです。
- どうぞ質問に来てください。系統学はわかってくると、面白いですよ。
- 系統樹の見方をすっかり忘れてしまっています。何か、超基本的な参考書があったら教えてください。
- 数式を出すときは記号の数をできるだけ少なく、分かりやすくして欲しい。
- 努力します。系統推定の話しになると、数式が沢山でてきますから。。。
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