授業/H19/系統学特論

系統学特論 †

• 授業コード： 321075XX
• 対　象：　地球生命圏科学専攻
• 場　所：　総合メディア基盤センター2階電算実習室２
• 時　間：　火曜・３限
• 実施日：　5月 8日, 15日, 6月5日, 12日, 19日, 7月3日
• 担　当：　綿野　泰行 ・ 梶田　忠

注意事項： †

• ※　実習室で講義を行うのは、上記６回です。それ以外の週は、課題用のデータを各自で解析し、レポートとして提出します。 演習には教育用端末を利用します。出席する際には、教育用端末に接続するためのアカウントとパスワードを必ず持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
• http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　 「授業/H19/系統学特論」
• 初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
• ※連絡先：
  • 綿野（内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室
  • 梶田（内線2818, ), 理3・407号室

分子系統学の授業の進め方 †

• 1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
• 2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析し、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
• 3）この作業を5回ほど繰り返す。

内容 †

• 第1回目(5月8日)：ガイダンス: Guidance
  • 使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.

• 第2回目(5月15日)：分子進化と遺伝的浮動: Molecular evolution and Random Genetic Drift
  • 中立突然変異が固定する機構
  • プログラム：エクセル
  • お知らせ：5月15日（火）の授業は13:10から行います。

• 第3回目(6月5日)：DNAデータベース：検索とダウンロード: DNA database, Query and download data
  • DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
  • プログラム：メモ帳, ClustalX

• 第4回目(6月12日)：塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成: Alignment of nucleotide sequence data and basic method of inferring phylogenetic tree
  • 距離行列法
  • プログラム：Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView

• 第5回目(6月19日)：最節約法: Maximum parsimony methods
  • 最節約法の原理と実際
  • PAUP

• 第6回目(7月3日)：最尤法: Maximum likelihood method
  • 分子進化のモデルと最尤法の実際
  • 授業中の解説に使うサンプルファイル：PEDIC.NEX
  • 授業/H17/系統学特論/PAUPブロック
  • 課題で使うデータファイル：DIPTERO.NEX

掲示板 †

授業関係資料のダウンロード＜閲覧制限＞ †

• 系統学特論ダウンロード
• 授業で使うソフトウェアやデータは、上のリンク先からダウンロードできます。
  • プログラム：ModelTest, PAUP

参考書： †

• Pylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual. Barry G. Hall (著) Sinauer Associates Inc ; ISBN: 0878933123 ; 2nd