開 講 通 知 （平成19年度後期集中授業） †
科目名： 系統解析論
対 象： 大学院自然科学研究科・博士後期課程・地球生命圏科学専攻
単位数： 2単位
場 所： 自然科学研究科４階セミナー室（予定）
開講日： 2007年12月5日, 12日, 19日（梶田担当分）; 2008年2月4日（月）、2月5日（火）（宮担当分）
担 当： 宮 正樹 ・ 梶田 忠（
）
時 間： 梶田担当分：午後13:00
教室：千葉大学自然科学研究科１号館４階セミナー室
宮担当分： 10:30から午前と午後
教室：千葉大学自然科学研究科１号館３階セミナー室
宮担当分 †
系統樹に時間軸を入れることにより，様々な進化的事象が明らかになるということを実例を使って講義する．
- 教室：千葉大学自然科学研究科１号館３階セミナー室
Build. 1 of Graduate School of Science and Technology. 3rd floor, seminor room.
- 2008年2月4日（月） 10:30- (午前・午後）
- 「系統解析論・ベイズ系統入門・大規模データを用いた最尤分析」
- 2008年2月5日（火） 10:30- (午前・午後)
受講生への連絡： ANNOUNCEMENT †
■ 宮担当授業(2月4日、5日）を受講する学生は、ノートパソコンを持参すること（Mac/Win どちらでも構わないが，できれば UNIX の環境を実装してきてほしい）
※ Students are expected to prepare a notebook computer to be used in the class by themselves. Unix environment should be prepared.
■ 下記ソフトウェアをダウンロードし，ソースコードの場合は実行できるようにしておくこと（できるように努力すること）
※ Following softwares should be installed and be tested to run.
■ 受講者以外の聴講を受け付けます。2月1日までに梶田（）までメールで連絡してください。閲覧制限ページへのアクセス方法などをお知らせします。
梶田担当分 †
- 終了しました
- 「系統解演習」・他
- 開講日: 12月5日, 12日, 19日（いずれも水曜日）：午後13:00
Day: 5, 12, and 19 December. 13:00-
- 教室： 千葉大学自然科学研究科１号館４階セミナー室
Build. 1 of Graduate School of Science and Technology. 4th floor, seminor room.
Information on Kajita's Part of the Class †
In my part of the class, you will do some phylogenetic analyses by yourself with my guidance. A note book computer is necessary to attend to my class. Wireless LAN is recommended.
In the 1st lesson, I will ask you some questions about what kind of phylogenetic analyses you want to perform in this class. You may choose any organisms of which you want to know phylogenetic relationships, or may want to confirm some results of published paper involving phylogenetic analyses. This will be your own project. Performing your project, you will learn the basic procedures to obtain data from GenBank, to align DNA data, and to perform various further analyses. I will give you some general guidance for everyone at first, and you will perform your project by yourself and think about problems you encountered or further necessary analyses until next week.
In the 2nd lesson,, I will ask you any problems you currently have in your analyses, or what is your further analyses. I will give necessary guidances according to your answers.
In the 3rd lesson,, you will present the results of your project. All the attendants will make questions and comments to each of presentations.
You can ask me any questions by e-mail, or visiting my room.
I will show you how to install or run some software for phylogenetic analyses in the classes, but unfortunately I will use Macintosh computer this time, as my windows note has just been broken.
■梶田担当分について
私の担当分では、ガイダンスを参考にしつつ、皆さん自身に系統解析を実際にやっていただきます。ノートパソコンが必要になりますので、持ってきてください。ワイヤレスLANが使える方が良いです。
初日のクラスでは、皆さんにどのような系統解析をしたいか質問します。自分の好きな生物の系統関係を調べるのでも構いませんし、いずれかの論文に出版された、系統解析を用いた研究結果を確認するというのでも構いません。それがこの授業におけるあなたのプロジェクトになります。プロジェクトを進める上で、GenBankからDNA配列データを集めることや、アラインメントを行うこと、そして、さらに様々な解析を実際に行う方法を学びます。各人のプロジェクトに必要な解析方法の基本については最初の授業で解説しますので、次の週までに自分で解析を進めめ、その過程で生じた問題点と、さらに必要になった解析を考えておいてください。
２回目のクラスでは、皆さんがどのように自分のプロジェクトを進めたかを簡単に答えて貰い、問題解決の方法や、さらに必要な解析の方法を解説します。
３回目のクラスでは、皆さん自身に、自分のプロジェクトの結果を発表してもらいます。また、参加者の皆さんに、質問やコメントを述べてもらいます。
質問などはメールで受け付けますし、部屋に訪ねていただいても構いません。
なお、受講者全員がWindowsユーザーであるため、Windows環境を対象に解説しています。
Quick Link to Softwares †
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