授業/H21/系統学特論

系統学特論 †

• 授業コード：
• 対　象：　地球生命圏科学専攻
• 場　所：　理学部１号館１階セミナー質
• 時　間：　火曜・３限
• 実施日：　初回開講日：4月 21日
• 担　当：　綿野　泰行 ・ 梶田　忠

注意事項： †

※　講義室で行う講義は全部で６回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。
※　授業には、できる限りインターネットに接続できるノートパソコンを持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。

• http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　 「授業/H21/系統学特論」
• 初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
• ※連絡先：
  • 綿野（内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室
  • 梶田（内線2818, ), 理3・407号室

分子系統学の授業の進め方 †

• 1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
• 2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自必要に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
• 3）この作業を5回ほど繰り返す。

内容 †

• 第1回目(4月21日)：ガイダンス: Guidance
  • 使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.

• 第2回目（5/12）：分子進化と遺伝的浮動
  • 中立突然変異が固定する機構
  • プログラム：エクセル

• 第3回（5/26）：DNAデータベース：検索とダウンロード
  • DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
  • プログラム：メモ帳、Clustal X

• 第４回（6/9):塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成
  • 距離行列法
  • プログラム： Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView

• 第５回（6/23）：最節約法
  • 最節約法の原理と実際
  • PAUP

• 第６回（7/7）：最尤法
  • 分子進化のモデルと最尤法の実際
  • プログラム：　ModelTest, PAUP

授業掲示板 †

→　授業/H21/系統学特論/bbs
授業関係の資料や課題、必要なソフトウェアをダウンロードするための閲覧制限ページです。
授業に関する質問や、意見なども書き込んでください。

リンク †

各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。

Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト　http://www.sinauer.com/hall/

Mega http://www.megasoftware.net/mega.html

Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

DNAsp http://www.ub.es/dnasp/

Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

Modeltest http://darwin.uvigo.es/

PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/

MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html