系統学特論

  • 授業コード:
  • 対 象: 地球生命圏科学専攻
  • 場 所: 理学部1号館1階セミナー質
  • 時 間: 火曜・3限
  • 実施日: 初回開講日:4月 21日
  • 担 当: 綿野 泰行 ・ 梶田 忠

注意事項:

※ 講義室で行う講義は全部で6回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。
※ 授業には、できる限りインターネットに接続できるノートパソコンを持参してください。授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。

  • http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/  「授業/H21/系統学特論」
  • 初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
  • ※連絡先:

分子系統学の授業の進め方

  • 1)実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
  • 2)授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自必要に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
  • 3)この作業を5回ほど繰り返す。

内容

  • 第1回目(4月21日):ガイダンス: Guidance
    • 使用するプログラムの入手法: Instruction for usage of the computer system and ways for obtaining softwares.
  • 第2回目(5/12):分子進化と遺伝的浮動
    • 中立突然変異が固定する機構
    • プログラム:エクセル
  • 第3回(5/26):DNAデータベース:検索とダウンロード
    • DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
    • プログラム:メモ帳、Clustal X
  • 第4回(6/9):塩基配列のアラインメントと簡単な系統樹作成
    • 距離行列法
    • プログラム: Clustal X, BioEdit, neighbour.exe, TreeView
  • 第5回(6/23):最節約法
    • 最節約法の原理と実際
    • PAUP
  • 第6回(7/7):最尤法
    • 分子進化のモデルと最尤法の実際
    • プログラム: ModelTest, PAUP

授業掲示板

→ 授業/H21/系統学特論/bbs
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リンク

各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。

Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト http://www.sinauer.com/hall/

Mega http://www.megasoftware.net/mega.html

Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

DNAsp http://www.ub.es/dnasp/

Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

Modeltest http://darwin.uvigo.es/

PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/

MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html


Last-modified: 2015-05-13 (水) 16:43:08 (3472d)