授業/H23/系統学特論

系統学特論 †

• 授業コード：
• 対　象：　地球生命圏科学専攻
• 場　所：　理学部１号館１階セミナー室
• 時　間：　火曜・３限
• 実施日：　初回開講日：4月 26日
• 担　当：　綿野　泰行 ・ 梶田　忠

注意事項： †

※　講義室で行う講義は全部で６回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。
※　授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。

• http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/　 「授業/H23/系統学特論」
• 初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
• ※連絡先：
  • 綿野（内線2819, watano@faculty.chiba-u.jp), 理3・406号室
  • 梶田（内線2818, ), 理3・407号室

系統学特論の授業の進め方 †

• 1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
• 2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自の習得程度に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
• 3）この作業を5回ほど繰り返す。
  

第1回目（4/26）：ガイダンス †

• 使用するプログラムの入手法
  千葉大　系統でグーグルで検索すると梶田先生のＷＥＢページが見つかります。
  PLANT_SYSTEMATICS_LAB (http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/
  講義資料をデポします。
  主要なソフトウェアの入手先のリンクも示してあります。
  

第2回目（5/10）：分子進化と遺伝的浮動 †

• 中立突然変異が固定する機構
  
• プログラム：エクセル
  

第3回目（5/17）：DNAデータベースと近隣接合法による系統樹作成 †

• DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
  
• 距離行列法
  
• プログラム：メモ帳, ClustalX, BioEdit, TreeView, MEGA

第4回目（6/7）：遺伝子系統樹と種の系統樹 †

• 種分化後の時間が小さいと、遺伝子系統樹と種の系統樹の不一致が起こることの理解を目指す。
  
• プログラム：MCcoal
  

第5回目（6/21）：最節約法 †

• 最節約法の原理と実際
  
• プログラム：　BioEdit, PAUP -> PHYLIP

第6回目（7/5）：最尤法 †

• 分子進化のモデルと最尤法の実際
  
• プログラム：ModelTest, PAUP
  

参考書 †

• Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual [ペーパーバック] Barry G. Hall (著)
  →Amazon

授業資料のダウンロード †

→　ここから授業資料のダウンロードページができます（受講生のみアクセス可)

リンク †

各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。

Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト　http://www.sinauer.com/hall/

Mega http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/

Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

DNAsp http://www.ub.es/dnasp/

Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

Modeltest http://darwin.uvigo.es/

PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/

MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html