Diario
- -- 情報授業のレポート採点、課題が多くなったので採点・コメントにも時間がかかる。昼は教室会議。レポート採点と集計、授業直前までやり、授業、Rを使った回帰分析のデモなどからはじめ、プログラミング演習は遺伝的浮動、予定よりやや遅れて進み、次回に持ち越し。
- -- 授業はNJ法による系統推定、受講生からの要望で、最初に実例を使って解析を行い、その後、方法の詳しい解説を行うよう、講義資料を全面改定、数式が苦手な学生が多いが、来週の最尤法の説明は理解して貰えるだろうか？昼はS君本読み、東北大のS先生が冷凍サンプルを送って下さった、感謝！T君と論文の相談、問題になっているところを整理し、週末また相談。情報授業の講義資料、W君やM君にも見て貰って、ようやく完成、遺伝的浮動のシミュレーションは難しすぎるという声もあったが、どうなるだろうか？授業レポート採点、終わらず。
- -- ゼミ、Tさん発表はRhizophoraceaeの系統解析の論文紹介、問題点とそれを解決すべき方法、得られた結果が十分に整理されておらず、宿題がいくつか残った、経過報告はT君、W君、いずれも実験は順調に進んでいるよう、W君のAFLP生データの解析は、私も同一サンプルセットを解析し、データ読み取り時のエラーが無いことを確かめることになった。S君本読み。授業準備とレポート採点。M君と実験の進め方について相談、数日後にこれまでの研究経過をまとめて話して貰い、今後の実験方針を相談することに、対象生物の塩基配列に変異が多すぎて、適当なPCRプライマーが決められないのが悩みの種、終わったところまでのシーケンスアラインメントも見せて貰うことになった。
- -- T君と論文仕上げについて相談、しばらく手を着けていなかったが、あと１ヶ月ぐらいで投稿までこぎ着けたい。午前中は輪読、担当のM君はlong branch attractionをいかに分かりやすく説明するかということで一苦労。昼はS君本読み。午後、Mさん卒研実験用のサンプル決定と実験方針の相談。１年学生用チューター授業でも論文読み、質問で多かったのは先週授業で仮説検定のところとRの使い方。Egに返事。
- -- 進化生物学のレポート採点・返却終了。情報処理授業も同様に、PostgreSQLとPHPでレポート返却ページを作成、この授業は試験をしないので、レポートの点数の総得点と頻度分布、順位まで知らせるようにした。来週の情報の授業はプログラミング演習でシミュレーションをやるよてい、かなり複雑なことをやるので、授業で使う資料とサンプルプログラムをいくつも作成。夕方は千葉大学理学部後援会の懇親会、学生の父兄と懇談。
- -- 情報授業のアンケート集計と次週のプログラミング演習準備開始。Mさんと卒研の進め方の相談。昼、S君本読み。午後、Mさん卒研相談の続き、研究計画をたてる上で、問題設定、研究目的を自分で説明できるようにし、目的にあった材料と方法を選ぶよう、相談を続ける。長い会議。風邪はようやく大丈夫そう。
- -- 授業準備、今回はRを使った統計的検定という、けっこう難しいお話が入ってくるので、ポスドクのT君の意見なども聞きつつ、資料を作成。昼はS君本読み。午後、環境保全委員関係のお仕事。情報授業では、声が回復、Rを使った統計解析は、心配していたよりも、理解して貰えたよう、プログラミングに関する理解は、予想していたよりずーっと高いことが分かった。これならば、遺伝的浮動のシミュレーションプログラムぐらいは簡単に作れるだろう。
- -- レポート採点、終わらず。授業、今日も声がちゃんと出ずに困った、速くすすめることができず、NJ法の前半で終了。昼はS君本読み。午後、環境保全委員のお仕事。Mさんと卒研の進め方について相談。明日の授業準備、レポート採点、Rを使った統計解析、検定の最も基本的なところを説明して、例題をいくつかやってみる予定。
- -- レビュー終了。環境保全員関係連絡。ゼミ、Mさん、M君発表、風邪ひきで声が出ず、コメントできず。授業準備、レポート採点と解説の作成、質問のまとめ。
- -- 九段坂で人間ドック。風邪直らず（..後に肺炎だったことが判明..）。生物学セミナーで１年生学生２人と論文を読み始め。遅れに遅れたレビュー、ようやく終わりそう。授業準備できず。環境保全委員関係の資料、後回し。
- -- 遅れたレビュー。授業資料作成。
- -- 授業レポート採点・返却。環境保全委員会会議。
- -- 喉の痛みと声がれ直らず。S君本読みも今日はお休み。やや発熱。情報授業でも全く声がでず、暫くW君にしゃべりを変わって貰った、後半は自分で話したが、受講者の皆さんには声が聞こえづらくて、申し訳ないことをした。
- -- 午前中、授業、風邪のせいで声が出にくい。昼はS君本読み。午後、報告書の仕上げ。T君、W君と製本。午前中無理矢理しゃべったせいか、声が出なくなる。
- -- ゼミ、S君によるイシガイ類のDUIのレビュー、二枚貝で起きたミトコンドリアの変わった遺伝様式がどのようにして明らかになり、MythilidaeとUnionidaeでは、異なる進化のプロセスを辿ったことを分かりやすく紹介していた。昼は長い会議。W君と製本用具の買い物のためにホームセンターへ、手製本関係のサイト(1, 2)を参考にして、報告書製本の準備はできた。夜まで原稿手直し、T君、W君に原稿の書式調整と見直しをお願いし、授業準備にとりかかる。
- -- 報告書まだ終わらず。輪読、S君本読み。環境保全委員のお仕事。レビューの催促もらう。
- -- 土日で授業レポートの採点とコメント、授業計画。
- -- 環境保全委員のお仕事数件。授業準備。午後授業、３連チャンの授業はこれでなんとか乗り切れた。。S君本読み。報告書書き。
- -- 授業レポートの集計と授業準備、昼はS君本読みと論文読みの相談。パソコン教室気味だった情報処理授業も、次回以降は、データ解析やコマンドラインからの操作が多くなる予定、しかし、マウスによる操作しか知らない学生にキーボードからのコマンド入力を沢山やらせるのは、かなり大変かもしれない。今回の授業はWordを使ったレポート作成、書式を整えるところから作図、作表まで一通りやったが、手順が多いほど、わかりにくくなるよう。
- -- 授業直前まで準備、系統推定と形質の最節約配置、一昨年よりは分かりやすい資料ができたと思う。昼はS君本読み。午後、明日の授業レポートの採点と今後の計画たて。教育用計算機システムのWindows XPでは、マイドキュメントにインストールすれば、XitamiやPHPを動かせることが分かった。明日の授業の資料作成。
- -- 午前中のゼミ、W君の経過報告ではAFLP解析の結果報告、データの量はかなり膨大。T君の論文紹介はLandscape genetics、Partial Mantel Test等の方法紹介。午後は東大との合同ゼミ、千葉大からはIさんが発表、ずいぶん話しが整理されて分かりやすくなっていた。
- -- 輪読、S君風邪でダウン、Mさん担当分で2時間弱、わりとすんなり進む。昼は外回り。午後は主に授業関係のお仕事。今週は水・木・金と３連チャンで授業、しかも明日は合同ゼミで東大へ行くため、準備が追いつかない。金曜の修士のオムニバス授業は、いつも同じような話しじゃつまらないだろうから、ニッコリ顔になれるようなお話を膨らませて、海洋島における種分化の話しを作る予定。
- -- レビューまだ終わらず。レポート採点もまだ終わらず、今回は詳しいコメントを返しているが、今後はもうちょっと簡単なコメントで許して貰おう。科研報告書そろそろタイムリミット。お仕事もいろいろと溜まったしまった。植物学会HPの草木躍動更新、Kさんのダイナミックな動画のおかげでシダ好きが増えるかも。
- -- レポート採点、携帯電話を使って提出されたレポートの方が、簡潔に説明できているかもしれない。遅れに遅れているレビュー１件。
- -- 授業レポート採点、今回の課題はけっこうユニークな問題、回答にもいろんなパターンがあり採点も難しい。昼は早めにS君本読み、自分で読解方法を工夫するなど、調子が出てきたよう。大学院GP地球診断士でT君の発表、ゆっくり、落ち着いて分かりやすい発表、リモセンの人によると海流についてのシミュレーションとか存在するらしい。改装予定の建物からの荷物運び、かなり重い。環境保全委員のお仕事また発生。
- -- 授業準備、情報処理の授業は技術の習得なので、できる限りウェブページに詳しい手順の解説をのせようとしているのだが、図版を作って、文章を書き下す作業は結構時間がかかる。昼は教室会議、今回の会議は長かった。情報処理の授業では正規表現を使ったテキスト置換と、エクセルによるデータ集計及びグラフ作成、テキストエディタを使った正規表現置換・検索も、３回目になると、慣れてきたよう、ただし、グラフの作成はやはり手順が複雑で、TAのW君も休みなしに飛び回っていた。
- -- 授業準備、ぎりぎりまで。授業は系統推定のところ、直前になってスライドの文章変更するのは良くない、また今日も、間違いをいくつか発見。今年の授業では毎回、Tree Thinkingの問題を１題解いて貰っている、皆、系統樹の読み方にはずいぶん慣れてきた。昼はS君本読みと今後の研究の進め方を相談、琵琶湖の固有種の話しはだんだんと話しが整理されてきた。環境保全委員のお仕事いくつか。明日の情報処理授業の準備、アンケート集計、班ごとのプロジェクト企画が届き始めた、明日の授業では一般的なレポートの書き方やよくやる間違いも説明。
- -- ゼミの準備、紹介した論文はLord Howe Islandの固有種であるHowea２種が同所種分化をしたものであることを示した論文、極小の海洋島を使って、同所的種分化を上手に議論している。Iさんは仕事の報告、データが膨大なので、ストーリーはわかりやすくする方がよいだろう。S君本読み。午後は環境保全委員のお仕事。明日の授業準備は夜から。
- -- 朝から保全委員関係の連絡発信。輪読ゼミ、内容紹介の仕方はまとめ方がやや不足していた、発表前にどこが一番のポイントなのか抑えておくことは必要だろう。S君本読み。午後、保全委員のお仕事で他の実験室を訪ねる。科研報告書まとめをT君、W君に相談。明日のセミナー発表準備にとりかかれたのは夜になってから。
- -- 科研報告書のデータ整理、サンプルDB未完成。授業関係の調べ物とスライド作り。
- -- 進化生物学授業スライド準備、レポート質問への返答。環境保全委員のお仕事。科研報告書作成開始、全体の計画、まだ終わらず。
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