授業/H24/進化生物学I

進化生物学I †

• 授業/H24/進化生物学I/系統推定演習
• 授業/H24/進化生物学I/系統樹に関する基本用語

授業情報 †

H24(2012)年度 授業コード:S4229101 科目コード:S42291
前期・水２ 単位数 :2　　専門科目（生物学科）　教室 理学部大講義室
授業科目名: 進化生物学I　（Evolutionaty Biology I）, 副題 進化学・系統学の基礎
担当教員 梶田　忠, 連絡先 研究室 理学部3号館407号室 , 内線番号 2818
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目的・目標 †

進化（evolution）は生物学における最も基本的な現象の一つであり、進化学的な考え方を習得することにより、生物界の様々な現象が理解できるようになる。本講義では、生物進化の基礎的な考え方、進化的現象とその機構、生物進化の歴史とその推定法について、基本的な知識や知見を学ぶ。系統樹を用いた進化の歴史の理解と系統推定法には特に重点を置く。

• キーワード Tree Thinking, 進化、系統、系統推定、系統樹、分子進化、分子系統学
• 講義内容

  Tree Thinkingの基礎。重要用語の理解、系統推定の基礎・最節約法、最節約法・形質の最節約配置
  系統樹の評価、距離行列法、分子進化のモデル、最尤法、ベイズ法、系統樹とその応用
  生物地理学、系統地理学、系統分類学、系統樹を用いた実際の研究紹介

講義予定 †

1. 4月18日 　講義ガイダンス：　Tree Thinking の紹介
2. 4月25日 　Tree Thinkingの基礎。重要用語の理解。
   
3. 5月2日 　
4. 5月9日 　　
5. 5月16日
6. 5月23日
7. 5月30日
8. 6月6日 　　
9. 6月13日 　
10. 6月20日 　
11. 6月27日 　
12. 7月4日　　＜海外出張のため休講＞→自習課題
13. 7月11日
14. 7月18日
15. 7月25日

評価方法・基準 †

成績はレポート及び小テストで評価する。出席点も考慮する。
レポートの提出および出席確認はmoodleを用いて行う。出席確認は、授業時間内に配布する授業出席コードを用いて行う。
進化生物学I　moodleサイト →http://bean.bio.chiba-u.jp/moodle

参考書・参考ウェブページ †

• Tree Thinkingウェブサイト http://www.tree-thinking.org/publications.html#science310
  • このページのEVOLUTION: The Tree-Thinking Challengeというところに授業で用いた資料へのリンク（下記）が載っている：
    • 資料へのリンク：http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/310/5750/979/DC1
    • 元論文はScience誌に掲載された：http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/310/5750/979?ijkey=buAV20Wfap/76&keytype=ref&siteid=sci
• Freeman, S. and Herron, J. C. 2004. Evolutionary Analysis. Pearson, Prentice Hall.
  
• Ridley, M. 2004. Evolution. Blackwell Publishing.