系統学特論 †
- 授業コード：
- 対 象： 地球生命圏科学専攻
- 場 所： 理学部１号館2階121教室
- 時 間： 火曜・4限
- 実施日： 初回開講日：4月 23日
- 担 当： 綿野 泰行 ・ 梶田 忠
注意事項： †
※ 講義室で行う講義は全部で６回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。
※ 授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。
系統学特論の授業の進め方 †
- 1）実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
- 2）授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自の習得程度に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
- 3）この作業を5回ほど繰り返す。
評価： †
- ５回のレポートで評価する。５回全ての提出を必須とする。
第1回目（4/23）：ガイダンス †
第2回目（ 5/7 ）：分子進化と遺伝的浮動 †
- 中立突然変異が固定する機構
- プログラム：エクセル
- 授業資料のダウンロード→bean.bio.chiba-u.jp/moodle24
第3回目（ 6/4 ）：DNAデータベースと近隣接合法による系統樹作成 †
- DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
- 距離行列法
- プログラム：メモ帳, ClustalX, BioEdit, TreeView, MEGA
第4回目（ 6/18 ）：遺伝子系統樹と種の系統樹 †
- 種分化後の時間が小さいと、遺伝子系統樹と種の系統樹の不一致が起こることの理解を目指す。
- プログラム：MCcoal
第5回目（ 7/9 ）：最節約法 †
第6回目（ 7/23 ）：最尤法 †
- 分子進化のモデルと最尤法の実際
- プログラム：ModelTest, PAUP
- 時間次第でBayes法
参考書 †
- Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual [ペーパーバック] Barry G. Hall (著)
→Amazon
授業資料のダウンロード †
→ ここから授業資料のダウンロードページができます（受講生のみアクセス可)
リンク †
各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。
Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト http://www.sinauer.com/hall/
Phylemon2 http://phylemon.bioinfo.cipf.es.
Mega http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/
Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
DNAsp http://www.ub.es/dnasp/
Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
Modeltest http://darwin.uvigo.es/
PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html
PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
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