授業で使ったスライドと説明です。Fasta形式ファイルをBioEditで編集してNEXUSファイルを作り、PAUP*で解析するところまでが説明されています。
最節約法：課題2 †
授業の後でやってもらう課題です。前もってお知らせしておきます(2005.6.20).
1.ホームページからデータファイル（&ref(): File not found: "Pedic_align.fst" at page "系統学特論：PAUP*使用法";)をダウンロード。BioEditで開き、NEXUSファイルに変換。
2.PAUP* DEMOでNEXUSファイルを開き、Branch and Bound法で解析する。得られた最短系統樹２つをファイルに保存する(仮にPedic.treと呼ぶ） 。
3.続いて、Bootstrap解析(Heuristic search, 1000回〔どうしてもできなければ100回でよい〕）を行う。得られた結果の表は保存しておく。〔ここまでの操作にはPAUP Blockを用いても良い〕
4.メモ帳等のテキストエディタで2で作った最短系統樹のファイルPedic.treを開き、2つ目の系統樹のクレードに、３の解析結果を見ながらBootstrap値を記入して保存する。
5.上で保存したファイルをTreeViewで開き、 2つ目の系統樹をPhylogramモードで、Bootstrap値と共に表示させる(show internal edge label)。内群が単系統群になるようにルートをつける。
6.TreeViewで、File > Save as graphic を選び、enhanced metafileの形式で2つ目の系統樹のみを保存する。このファイルを提出する。
ファイル名は
学籍番号（半角英数文字のみ）.emf
にすること。メールの添付書類で梶田まで提出。
- PAUPを使った系統解析演習に必要なPAUPブロックの例です。コピーペーストして使って下さい。
![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")