授業/H17/系統学特論/PAUP*使用法

目次

BioEditでNEXUSファイルを作る †

1. 課題のファイルPedic_align.fstをBioEditで開く †

2. BioEdit: File > Export > Sequence Alignment †

• ファイルの種類で一番下のPAUP/NEXUSを選択し、ファイル名をPedic.nexにして保存

PAUP*を使う †

1. File > Open ：　Pedic.nex　を　Edit モードで開く †

NEXUSファイルの中身。[ ] に挟まれた部分はコメント。

〔参考〕FASTA形式からNEXUS形式には簡単に変更できる

• File > OpenでFasta形式のアラインメントをEditモードで読み込む
• ファイルの先頭に#NEXUSと書き込む
• 配列の前にdata ブロック始まりをコピーする。必要があれば数値を変更。interleaveはつけない。
• 配列の最後にセミコロンとendとセミコロンをコピー
• 余裕があったら > を消しておく（消さなくても解析はできる）
• 名前をつけて保存

2. データをメモリに読み込む File > Execute †

3. Branch and Boundで解析：BandB †

4. 画面に系統樹を表示: showtree 1 †

5. ファイルに系統樹を保存： savetrees file=Pedic.tre brlen=yes from=1 to=2 †

6. TreeView>で系統樹を表示： File > Open †

7. PAUP*でBootstrap解析： bootstrap nrep=1000 search=heuristic brlens=yes †

8. 系統樹を保存： savetrees file=Pedic_boot.tre savebootp=nodelabels from=1 to=1 †

9. ディスプレーバッファーを編集: Edit > Edit Display Buffer †

10. TreeViewでBootstrap値つき系統樹を開く †

11. 最節約系統樹にBootstrap値をのせる：メモ帳で編集 †

12. TreeViewでBootstrap値つき最節約系統樹を開く †

13. PAUP Blockをファイルに埋め込んで、解析を自動化する †