授業/H18/系統解析論/1201

第１回： 12月1日 †

受講確認 †

• 専攻分野、研究テーマを簡単に自己紹介

系統解析の基礎知識確認 †

• Tree Thinking Assessment I
  • I, IIを合わせた完全版は、http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/310/5750/979/DC1からダウンロードできる
• 基礎知識確認のための質疑応答

研究テーマ・知識レベルに合わせた課題設定 †

• 2週間でできる課題を各自の知識レベル、研究テーマに合わせて設定
• 1週間の間にできる具体的なデータ収集や解析の手順を、教員や参加学生と意見交換しつつ決定。

系統解析ソフトウェアの基本操作 †

　1週間のうちに、自分で課題がすすめられるよう、最低限の解析手法を説明します。

　参考：→　授業/H17/系統学特論

• PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/
• MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
• Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html
• TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html

Shirai課題設定： †

• 系統地理に興味があるので、系統地理学的な解析をやってみたい。どんな解析かというと、ある地域から得られた集団サンプルのDNA塩基配列データを用いて、集団間、集団内それぞれの遺伝的構造を明らかにしたい。まだ十分に検討していないけど、候補としては、２つ持っていて、
  1. オーストラリアのイシガイ類の４つの隠蔽種の集団
  2. テネシー川のイシガイ類の遺伝的分化と保全 がいいかと思っている。

• Kajitaコメント：自分の研究材料を用いるのもいいが、教科書で紹介されているような研究を用いた方が分かりやすい。
  • 教科書で引用しているような研究データを自分で解析してみる。どのデータを使うかは、これから調べる。