系統学特論

  • 授業コード:
  • 対 象: 地球生命圏科学専攻
  • 場 所: 理学部1号館2階121教室
  • 時 間: 火曜・4限
  • 実施日: 初回開講日:4月 23日
  • 担 当: 綿野 泰行 ・ 梶田 忠

注意事項:

※ 講義室で行う講義は全部で6回です。それ以外の週は、個別指導を受けて課題をこなし、レポートとして提出します。
※ 授業の詳細については、下記ホームページを見て下さい。

  • http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/  「授業/H25/系統学特論」
  • 初回授業にはガイダンスを行いますので、必ず出席してください。出席できない場合は、担当教員に連絡して、個別に指導を受けてください。
  • ※連絡先:

系統学特論の授業の進め方

  • 1)実際にコンピューターからデータを検索・ダウンロードしたり、分子進化・系統解析用のソフトウェアを使って、実感しながら系統推定の実際を学ぶ。
  • 2)授業で説明をうけたら、次回の授業までに各自でデータを解析。各自の習得程度に応じて個別指導を受け、レポートにまとめる。メールに添付して提出。
  • 3)この作業を5回ほど繰り返す。

評価:

  • 5回のレポートで評価する。5回全ての提出を必須とする。

第1回目(4/23):ガイダンス

  • 使用するプログラムの入手法
    千葉大 系統でグーグルで検索すると梶田先生のWEBページが見つかります。
    PLANT_SYSTEMATICS_LAB (http://bean.bio.chiba-u.jp/lab/
    講義資料をデポします。
    主要なソフトウェアの入手先のリンクも示してあります。

第2回目( 5/7 ):分子進化と遺伝的浮動

  • 中立突然変異が固定する機構
  • プログラム:エクセル
  • 授業資料のダウンロード→bean.bio.chiba-u.jp/moodle24

第3回目( 6/4 ):DNAデータベースと近隣接合法による系統樹作成

  • DNAデータベースとファイルフォーマットの勉強
  • 距離行列法
  • プログラム:メモ帳, ClustalX, BioEdit, TreeView, MEGA

第4回目( 6/18 ):遺伝子系統樹と種の系統樹

  • 種分化後の時間が小さいと、遺伝子系統樹と種の系統樹の不一致が起こることの理解を目指す。
  • プログラム:MCcoal

第5回目( 7/9 ):最節約法

第6回目( 7/23 ):最尤法

  • 分子進化のモデルと最尤法の実際
  • プログラム:ModelTest, PAUP
  • 時間次第でBayes法

参考書

  • Phylogenetic Trees Made Easy: A How-to Manual [ペーパーバック] Barry G. Hall (著)
    Amazon

授業資料のダウンロード

→ ここから授業資料のダウンロードページができます(受講生のみアクセス可)

リンク

各ソフトウェアのウェブページへのリンクです。インストール方法の説明や、ドキュメント類、最新版が置かれています。

Phylogenetic Trees Made Easyのウェブサイト http://www.sinauer.com/hall/

Phylemon2 http://phylemon.bioinfo.cipf.es.

Mega http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/

Bioedit http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

DNAsp http://www.ub.es/dnasp/

Clustalx http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

Modeltest http://darwin.uvigo.es/

PHYLIP http://evolution.gs.washington.edu/phylip.html

PAUP* http://paup.csit.fsu.edu/

MESQUITE http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html


Last-modified: 2015-05-13 (水) 16:45:53 (3206d)